Задание №3.Сравнение выравниваний, выданных программой BLASTP, с оптимальными глобальным и локальным выравниваниями.
Выравнивания, полученные с помощью Blastp, needle и water . Штраф за первый гэп - 11, за удлинение - 1
Вес выравнивания
Blastp 153
Needle 147.0
Water 104.0
Длина выранивания
Blastp 146
Needle 146
Water 367
% Идеинтичности
Blastp 30%
Needle 30.1%
Water 20.4%
% Сходства
Blastp 51%
Needle 50.7%
Water 36.0%
У меня получилисьразные значения веса выравниваний, сделанных Blast и water, однако, выравнивания абсолюсолютно одинаковые. Это может быть связано с тем, что Blast снимает штраф за удлинение гэпа (1) и с первого гэппа в "группе".
*Выравнивание с помощью Blastp:
Query 77 GDRFPLLTKLLDVKEDTSIKVHPDDYYAGENEEGELGKTECWYIIDCKENAEIIYGHTAR 136
G LL KLLD + I HP +A + GK E W+++ + + H
Sbjct 98 GSDTKLLVKLLDAGQRLPIHAHPHVDWARMHLARNHGKAEAWHMLTGGDVYLGLKEHVTA 157
Query 137 SKTELVTMINSGDWEG---LLRRIKIKPGDFYYVPSGTLHALCKGALVLETQQNSDATYR 193
++ L+ M+++ D + LL R++++ GD YVP G LHA+ +G L++E Q+ D +
Sbjct 158 AR--LLDMVDAQDIQAMLQLLHRVEVQRGDTVYVPPGMLHAIGQGILLVEVQEPEDMSIL 215
Query 194 V-YDYDRLDSNGSPR-ELHFAKAVNA 217
+ + + +LD L FAKA+ A
Sbjct 216 LEWSHFQLDGRKHGHLGLGFAKAITA 241
*Выравнивание с помощью water(оптимальное частичное выравнивание)
MANA3_BACSU 77 GDRFPLLTKLLDVKEDTSIKVHPDDYYAGENEEGELGKTECWYIIDCKEN 126
|....||.||||..:...|..||...:|..:.....||.|.|:::...:.
XP_762601.1 98 GSDTKLLVKLLDAGQRLPIHAHPHVDWARMHLARNHGKAEAWHMLTGGDV 147
MANA3_BACSU 127 AEIIYGHTARSKTELVTMINSGDWEG---LLRRIKIKPGDFYYVPSGTLH 173
...:..|...:: |:.|:::.|.:. ||.|::::.||..|||.|.||
XP_762601.1 148 YLGLKEHVTAAR--LLDMVDAQDIQAMLQLLHRVEVQRGDTVYVPPGMLH 195
MANA3_BACSU 174 ALCKGALVLETQQNSDATYRV-YDYDRLDSNGSPR-ELHFAKAVNA 217
|:.:|.|::|.|:..|.:..: :.:.:||...... .|.||||:.|
XP_762601.1 196 AIGQGILLVEVQEPEDMSILLEWSHFQLDGRKHGHLGLGFAKAITA 241
*Выравнивание с помощью needle(оптимальное полное выравнивание)
MANA3_BACSU 1 -----MTQSPIFL-TPVFKEKIW-GGTALRDRFGYSIPSESTG------E 37
....||.| :....::.: ||..:....|....|||.. |
XP_762601.1 1 MAGETKICGPILLHSHQLGQRFYLGGPQISSFRGEERASESEAHSRREPE 50
MANA3_BACSU 38 CWAIS----AHPKGPSTVANGPYKGKTLIELWEEHREVFGGVE----GDR 79
.|..| |..........|......:.|:..:.....|... |..
XP_762601.1 51 DWVASTTCCAGHDSLGLTRLGQTDTLLVDEIGADPVAWLGSAHVAKYGSD 100
MANA3_BACSU 80 FPLLTKLLDVKEDTSIKVHPDDYYAGENEEGELGKTECWYIIDCKENAEI 129
..||.||||..:...|..||...:|..:.....||.|.|:::...:....
XP_762601.1 101 TKLLVKLLDAGQRLPIHAHPHVDWARMHLARNHGKAEAWHMLTGGDVYLG 150
MANA3_BACSU 130 IYGHTARSKTELVTMINSGDWEG---LLRRIKIKPGDFYYVPSGTLHALC 176
:..|...:: |:.|:::.|.:. ||.|::::.||..|||.|.|||:.
XP_762601.1 151 LKEHVTAAR--LLDMVDAQDIQAMLQLLHRVEVQRGDTVYVPPGMLHAIG 198
MANA3_BACSU 177 KGALVLETQQNSDATYRV-YDYDRLDSNGSPR-ELHFAKAVNAATVPHVD 224
:|.|::|.|:..|.:..: :.:.:||...... .|.||||:.|.....:.
XP_762601.1 199 QGILLVEVQEPEDMSILLEWSHFQLDGRKHGHLGLGFAKAITAIDTSALS 248
MANA3_BACSU 225 -GYIDESTESRKGITIKTFVQG---EYFSVYKWDINGEAEMAQDESFLIC 270
..:|:.....:..|....:.. |||.:.|: .:::..|..|.:.
XP_762601.1 249 HEQLDQLVVRAQTSTTSNLLSEHALEYFRMDKF----YSDVELDAGFQVV 294
MANA3_BACSU 271 SVIEGSGLLKYEDKTCPLKKGDHFILPAQMPDFTIKGTCTLIVSHI---- 316
.|:.| :....::..|...: .:||..|.::.|.
XP_762601.1 295 VVLSG-------EVEVSVRSTDQAAV-------ILKGGSTALLRHADGSV 330
MANA3_BACSU 316 ----------------- 316
XP_762601.1 331 AFKVRQPTEFLVIRPPL 347