Задание №1.Поиск гипотетических гомологов изучаемого белка в разных банках данных

Таблица 1. Результаты поиска гипотетических гомологов белка MANA3_BACSU

  Поиск по БД Swiss-Prot Поиск по БД PDB Поиск по БД "nr"
1. Лучшая находка (в принципе должна соответствовать заданному белку)
Accession P39841.1 1QWR_A NP_391460.1
E-value 0.0 0.0 0.0
Вес (в битах) 656 647 656
Процент идентичности 100% 99% 100%
Найдены ли другие белки с теми же значениями E-value и веса в битах?
Если найдены, то укажите общее число и приведите один идентификатор (любой, но желательно Swiss-Prot ID)		 Не найдены Не найдены Найдены еще 3 белка со значением E-value=0.0, но они имеют другой вес (в битах).Идентификатор одного из них - YP_004205410
2. Сколько хороших кандидатов в гомологи найдено?
(число находок в списке описаний с E-value < 1E-10) 		4 2 792
3. "Худшая из хороших" находка (последняя в выдаче с E-value < 1)
Номер находки в списке описаний 13 5 1129, но, так как последнее, выведенное выравнивание с данным не совпадает, дальше будут данные про него. Кстати, его номер - 1000
Accession Q8HXX2.3 2PHD_A ZP_07637994.1
E-value 0.67 0.90 0.12
Вес (в битах) 35.0 30.8 42.0
% идентичности 30% 36% 33%
% сходства 48% 64% 45%
Длина выравнивания 73 33 101
Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке) В запросе: 36-104
В находке: 47-118		 В запросе: 269-301
В находке: 302-334		 В запросе: 11-104
В находке: 24-123
Число гэпов 5 0 8
  • Исходный белок удалось найти в SwissProt и nr, а вот в PDB первая строка в поиске - уже не исходный белок
  • При поиске в разных базах данных я получила разное количество хороших кандидатов в гомологи. Возможно, это случилось потому, что размер этих баз данных различен ( что было видно исходя и из количества выведенных результатов).
  • nr:
    Количество находок - 1284,
    E_value самой последней - 9.9
    pdb:
    Количество находок - 17,
    E_value самой последней - 9.7
    swissprot:
    Количество находок - 27,
    E_value самой последней - 9.4
    Во всех случаях число находок было ограничено значением E_value, однако выравниваний в nr было только 1000.