Задание №1.Создание паттернов аминокислотных последовательностей
Выбранный для выполнения задания участок выделен цветом
Таблица 1. Создание паттернов
| Характеристика паттерна | Паттерн | В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? | Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены? |
| Фрагмент последовательности | GKTLIELWEEHREVFG | 1 | нет |
| Сильный | [GI]-[KFV]-[TPS]-L-[IDSR]-[EQD]-[LV]- [WYI]-[EKA]-[EDHS]-[HD]-[KRP]-[SEH]-X(0,1)- [LIV]-[LF]-G | 6 | Да |
| Слабый | x(0,1)-[FKV]-[TPS]-L-x(1,2)-[EQDN]- [LVIM]-[WYIVL]-x(1,2)-[EDHS]-[HDN]-[KRP]- [ENDQHS]-X(0,1)-[LIVM]-[LF]-G | 6 | Да |
Комментарии: Создание слабого паттерна: На первую позицию я поставила х, чтобы расширить "область" возможных белков, подходящих к этому паттерну. Со второй позицией я не рискнула ничего делать, так как Вариация аминокислотных остатков не очень большая, но они не похожие друг на друга по свойствам. Третья позиция совпала у всех белков, из чего можно предположить, что вариации в этом столбце маловероятны.(как и в последнем) В двух следующих позициях я добавила похожие аминокислотные остатки, а вот чтобы сделать 8-ю позицию, я сделала с помощью программы muscle выравнивание гомологов белка, найденных не в SwissProt. [EKA] я заменила на х(1,2), потому что опять аминокислоты достаточно сильно различаются по свойствам. А далее я в основном, добавляла "родственные" аминокислоты.
Вообще, очень обидно, что в SwissProte находится только 5 гомологов моего белка, что сделало задачу менее интересной, чем она могла бы быть. Однако, "лишних" белков ( которые Blast уже не считает достоверными гомологами [E_value больше 0.001]) не вылезло, что говорит о том, что серьезных ошибок в "слабом" паттерне скорее всего, нет.
Задание №2. Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке MANA3_BACSU
Таблица 2.
