Задание №1. Поиск в геноме участков, кодирующих белки, похожие на заданный
Поиск гомологов белка Mana3_bacsu в геноме Listeria monocytogenes
| Число находок с E-value < 0,001 | 2 |
| E-value лучшей находки | 3e-106 |
| Название последовательности с лучшей находкой | Listeria monocytogenes strain EGD |
| Координаты лучшей находки (от-до) | 90507-91445 (939) нуклеотдиды |
Процент последовательности белка, вошедший в выравнивание с лучшей находкой |
99.37% |
Задание №2. Нахождение записи EMBL по последовательности программой BLASTN
а) Последовательность присутствует в записи EM_PRO:AB000361 (Pseudomonas cichorii gene for D-Tagatose 3-epimerase, complete cds)
б) Координаты заданной последовательности в записи - 839-1018. Эта последовательность соответствует самой записи
в) в поле FT описан участок с координатами 719 – 1591. Этот участок имеет прямое направление относительно записи. Называется
D-Tagatose 3-epimerase
Задание №3. Поиск гомологов гена программой BLASTN
С помощью программы Blastn нашелся только один гомолог Listeria monocytogenes strain EGD, совпадающий с лучшей находкой, полученной в первом задании E-value - 4e-16 (как ни странно, колоссально отличается от E-value, полученного в первом задании). Координаты находки – 91080-91430 (длина – 351). Длина выравнивания (относительно нуклеотидной последовательности находки). Полученная в первом задании почти в три раза больше, чем пулученная с помощью blastn.
