EnsEMBL. Знакомство

Сам интерфейс сайта очень понятен и его использование немногим отлиается от ресурса Blast-a, поэтому самое первое "здравствуй" не вызвало особых проблем.
Выдача результата BlastN:
На выдаче результатов сначали показали, как я поняла, участки хромосом, с которыми получилось "хорошее" выравнивание данной мне последовательности. Получилось, что моя посдеовательность, скорее всего, находится в шестой хромосоме.
Далее показали картинку с выравниваниями непосредственно последовательностей.
Цветом выделены участки, с наибольшей оотносительной консервативностью. (Относительно этих найденных последовательностей).
После картинки выравнивания показана таблица этих выравниваний. Мне показалась очень удобной возможность выбора данных, которые хочется увидеть прямо непосредственно перед таблицой с этими данными, потому что изменение "внешнего вида" занимает совсем немного времени.
Собственно, что оттуда можно получить?

  1. Если пройти по ссылке [A], попадаешь на страницу с выравниванием. Там есть стандартная информация (Evalue, score...), ну и отдельно достаточно удобно написано направление моей последовательности относительно выравнивания.
  2. Ссылка [S] перенаправляет на страничку с нуклеотидной последовательностью запроса
  3. Мне понравилась возможность посмотреть выравнивание относительно экзона находки (ссылка [G]). Позволяет оценить, имеет ли данное выравнивание биологический смысл или оно попало в список находок из-за случайных совпадений.
  4. Ну и ссылка [C] покажет подробную информацию об участке, с которым произошло выравнивание.
    На этой странице мы можем увидеть место, где расположено интересующая нас поледовательность (красная вертикальная прямая), гаплотипные, то есть совместно наследующиеся участки хромосом(красным).
    Следующая картинка показывает информацию о самой хромосоме и контигах, составляющих ее:
    И, наконец, последняя, так же показывает информацию об участках хромосомы, но тут это показано отдельно для прямой и обратной цепи:
  5. Столбец Clone показывает имя ДНК, из которой находка.
  6. Contig - Набор упорядоченных перекрывающихся "кусочков" последовательности ДНК, охватывающих всю хромосому или ее часть.
  7. Supercontig - совокупность нескольких контигов.
  8. Chromosome - хромосома, из которой находка.
  9. Lrg - Как я поняла, он выдает что-то вроде базы данных, в которой описана находка. Хотя при поиске "моего" участка генома, этот столбец остался пустым.
  10. Ну, и можно увидеть стандартные для выравнивания данные: Начало, конец выравнивания,его длину, положение относительно цепи ("+" или "-" в столбце ori), e-value, процент сходства, идеинтичности, вес.

Не смогла понять, почему для некоторых находок было выдано другое название:

При поиске гена по названию нашлось 10 генов, большинство из которых фактор транскрипции 19. Если искать без уточнения вида, то программа выдает находки в 39 семествах. Большинство генов - у человека и мыши.

*** Очень понравилось обилие ссылок "help", и ссылки на видео-инструкцию использования ресурса.

Другие геномные браузеры


Геномный браузер Vega по визуализации почти не отличается от Ensembl, разве что картинки хромосом не детализированы. И в Vegа описано всего семь геномов.