Описание различных форм ДНК
Ориентация атомов цитозина
- B-форма
- В сторону большой бороздки обращены атомы C32.N4 и, соответственно, С32.С4
- В сторону малой бороздки обращены атомы C32.O2 и C32.C2
- Остальные атомы основания находятся в плоскости на границе бороздок.
- A-форма
- В сторону большой бороздки обращены атомы C8.O2 и, соответственно, С8.С2
- В сторону малой бороздки обращены атомы C8.N4 и C8.C4
- Остальные атомы основания находятся в плоскости на границе бороздок.
- Z-форма
- В сторону малой бороздки обращены атомы C28.O2 и, соответственно, С28.С2
- В сторону большой бороздки обращены атомы C28.N4 и C28.C4
- Остальные атомы основания находятся в плоскости на границе бороздок.
*Атомы, обращенные к большой бороздке отмечены красным цветом, к малой - синим.
Сравнение спиральных характеристик разных форм ДНК
| A-форма | B-форма | *Z-форма | |
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (A) | 28.03 | 33.75 | 43.5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 16.97 (A14:A.P - A30:B.P) | 17.21 (C12:A.P - A26:A.P) | 18.30 (C30:B.P - C8:A.P) |
| Ширина малой бороздки | 7.98 (A30:B.P - G5:A.P) | 11.69 (G33:B.P - C12:A.P) | 9.87 (C30:B.P - G15:A.P) |
Сравнение торсионных углов цитозина в А- и В-формах ДНК
| α | β | γ | δ | ε | ζ | χ | ||
| А-форма | -51.69 | 174.79 | 41.68 | 79.09 | -147.84 | -75.06 | -157.18 | |
| В-форма | -29,87 | 136,38 | 31,1 | 143.42 | -140.77 | -160.52 | -97.96 |
В А- и В- формах самые близкие значения получились у ε и γ уголов. На табличные значения А-формы похожи все полученные мной торсионные углы, кроме &epsilon. Однако полученные данные для В-формы достаточно сильно уже отличаются от табличных.
