• Краткое описание структуры в файле 1c0a.pdb

    • В файле приведены координаты атомов следующих молекул
    Для исследования была выбрана цепь B, представляющая аспартил-тРНК из E.Coli со следующей последовательностью:

     
[601] 5'-GGAGCGGXAGUUCAGXCGGXXAGAAUACCUGCCUXUCA
        CGCAGGGGXUCGCGGGXXCGAGUCCCGXCCGUUCCGCCA-3'[676],
    На 3'-конце есть триплет CCA, к которому присоединяется аминокислота.

  • Исследование вторичной структуры

    • Торсионные углы. По среднему значению торсионных углов нельзя сказать, на какую именно форму больше похожа РНК.


    С помощью программы find_pair пакета 3DNA были определены возможные водородные связи между азотистыми основаниями (выходной файл). В соответствии с полученными данными

    • Акцепторный стебель состоит из 601-607 нуклеотидов и комплеметарных им 672-666
    • D-стебель - 610-614 и 625-621 соответственно
    • T-стебель - 649-653 и 666-661 соответственно
    • Антикодоновый стебель - 626-632 и 644-638 соответственно

    Скрипт, создающий изображение (для создания скрипта необходимо открыть файл rna_old.pdb), где акцепторный стебель выделен красным, Т-стебель - зеленым, D-стебель - синим, антикодоновый - оранжевым.



    Стабилизирующие взаимодействия:
    1. A614 – SU608
    2. G615 – C648
    3. G619 – C656
    4. MU654 - A658
    5. PSU655 - G618

    Примеры неканонических взаимодействий
    1. G649 – PSU665
    2. PSU655 – G618
    3. G610 – U625

  • Исследование третичной структуры

    • Стекинг взаимодействия: Наибольшие перекрывания обнаружились на шаге 4 и 12:

    B T-петле есть дополнительная водородная связь между 654 и 658 нуклеотидами.

  • Предсказание вторичной структуры тРНК

    • Участок структуры Позиции в структуре
    (по результатам find_pair)     		Результаты предсказания
    с помощью einverted    		 Результаты предсказания
    по алгоритму Зукера
    Акцепторный стебель 601-607
    666-672
    Всего 7 пар     		предсказано 5 пар 7 пар
    D-стебель 610-614
    625-621 Всего 5 пар     		предсказано 2 пары 4 пары
    T-стебель 649-653
    665-661
    Всего 5 пар     		предсказано 3 пары 5 пар
    Антикодоновый стебель 626-632
    638-644
    Всего 7 пар     		предсказана 1 пара 7 пар
    Общее число канонических пар нуклеотидов 19 -- 15