Самостоятельная работа
Дано: неаннотрованный участок генома бактерии Streptococcus pneumoniae (штамм TIGR4 ctg00822).
Задача: определить, где в данном фрагменте закодированы белки, похожие на известные белки родственной бактерии (сенной палочки).
1. Получен фрагмент генома S.pneumoniae из заданной записи EMBL (AAGY02000001) с помощью программы seqret -sask (координаты последовательности: 49001-56001)
2. Были сделаны индексные файлы для поиска программами пакета blast.
makeblastdb -dbtype prot ...
3. C помощью программы getorf были получены трансляции всех открытых рамок считывания фрагмента (см. пункт 1) длиной не менее 240 нуклеотидов:
getorf -minsize 240 -find 1 -table 11 ...
4. C помощью программы blastp были найдены сходные последовательности в протеоме
B. subtilis (E_value меньше 0.001).
В таблице приведены только те рамки считывания, для которых была найдена хотя бы одна
такая последовательность.
| Рамка считывания | Начало-конец во фрагменте | Направление | Число сходных последовательностей, найденных программой blastp в протеоме при условии E_value меньше 0.001 | Идентификатор самого близкого из найденных белков B. subtilis | E-value находки |
| AAGY02000001_8 | 6342-6863 | Прямое | 1 | YXIE_BACSU | 2e-6 |
| AAGY02000001_12 | 5802-4591 | Обратное | 11 | AAT1_BACSU | 7e-41 | AAGY02000001_14 | 2827-2057 | Обратное | 1 | YABD_BACSU | 8e-71 | AAGY02000001_15 | 2054-1497 | Обратное | 1 | YABF_BACSU | 1e-41 |
5. Схематическое изображение рамок считывания во фрагменте, полученном ранее и гомологичных
этим рамкам белков в геноме B. subtilis
Рамки YABF и YABD расположены достаточно близко в обоих организмах (между ними только порядка
3000 п.о.). Это дает возможность предполагать,
что в клетке белки, кодируемые этими участками, как-то функционально связаны.
Сначала мне показалось, что гены YABF, YABD, YXIE "перепрыгнули"
на другую цепь, однако, вряд ли такое могдо произойти с таким количеством
генов,
скорее всего просто в записях, описывающих геномы B.subtilis и S. pneumoniae
за "базовые" были взяты разные цепочки ДНК и свое положение поменял только ген AAT1.
Так как программа не учитывает стоп-кодон, к 3' концу необходимо прибавить три нуклеотида.
В этом случае получится, что 15 ОРФ закончится на 2057 нуклеотиде, а 14 - начнется этим же нуклеотидом.
Таким образом, происходит перекрывание рамок считывания на один нуклеотид.
Это вполне возможно для генов прокариот.
