Цель занятия ознакомится с возможностями гомологичного моделирования комплекса белка с лигандом.
Мой белок LYS_ANTMY - лизоцим из Antheraea mylitta.
Этот белок выравнивался с лизоцимом фореи (1lmp) с помощью Clustal и GeneDoc. Полученное выравнивание сохранено в формате pir. Затем была переименована последовательность в файле выравнивания: 

       Было                               Стало
>P1;sp|Q7SID7|LYS_ANTMY                  >P1;seq

>P1;1LMP|PDBID|CHAIN|SEQUENCE            >P1;1lmp
После имени последовательности моделируемого белка добавлена строчка:
sequence:ХХХХХ::::::: 0.00: 0.00
После имени последовательности белка-образца -
structureX:1lmp_now.ent:1 :A: 132 :A:undefined:undefined:-1.00:-1.00
В конце каждой последовательности был добавлен знак "точка".
Также была проведена модификация файла со структурой: удалена вся вода, всем атомам лиганда присвоен один и тот же номер "остатка" и модифицируйте имена атомов каждого остатка, чтобы не было атомов с идеинтичными названиями.
Файлы: модифицированный файл выравнивания, модивицированный файл со структурой, мой скрипт.
Скрипт запущен командой 
 mod9v7 myscript &

Полученные модели:
  1. Первая
  2. Вторая
  3. Третья
  4. Четвертая
  5. Пятая
    Оценка качества: 
    	Аномальных углов	Связей аномальной длины
1		39			3
2		45			6
3		45			3
4		29			3
5		39			3
    Для следующего практикума была выбрана 4 модель.