Суть задания состоит в расчёте точечных зарядов на атомах этана. Построение файла топологии, этот файл содержит описание ковалентных и нековалентных взаимодействий. С помощью расчёта энтальпии испарения предлагается найти оптимальные параметры для описания Ван-дер-Ваальсовых взаимодействий.

  1. С помощью програмы babel создала *.pdb файл этана из результатов оптимизации прошлого практикума (et.log): 
    babel et.log et.pdb
    et.pdb
    помощью скрипта Ante_RED.pl подготовила pdb файл(et-out.pdb). Переименовала p2n файл вMol_red1.p2n. Запустила RED: 
    RED-vIII.4.pl
    Результат появился в папке Data-RED (файл Mol_m1-o1.mol2 с координатами атомов и зарядами).
  2. Создала файл описания молекулы в формате пакета программ GROMACS. (et.top)
  3. C помощью скрипта и файлов (md.mdp, box_g.gro и box_l.gro) было получено 7 топологий с разными значениями epsilon, проведена молекулярная динамика для каждой системы с каждым файлом топологии и посчитаны значения энергии для каждого значения epsilon водорода. Из таблицы видно, что в значение энтальпии больший вклад вносят VdW взаимодействия. Так как экспериментальное значение энтальпии испарения 5.4 kJ/mol при Т=25 С, можно прикинуть значение epsilon как от 0,00462 до 0,00291.