Подготовка файла координат и файл топологии

make_ndx -f box_38.gro -o 1.ndx

editconf -f box_38.gro -o et1.gro -n 1.ndx
editconf -f et1.gro -o et.gro -d 2 -c
В результате получился файл et.gro Исправленный файл топологии Данные файлы с разными параметрами контроля температуры: 
        be.mdp - метод Берендсена для контроля температуры.

        vr.mdp - метод "Velocity rescale" для контроля температуры.

        nh.mdp - метод Нуза-Хувера для контроля температуры.

        an.mdp - метод Андерсена для контроля температуры.

        sd.mdp - метод стохастической молекулярной динамики.
Для дальнейшей работы использовался Скрипт
Полученные pdb файлы:
et_an.pdb В этом файле видно колебание только водородных атомов.
et_be.pdb Показано вращение воородных атомов вокруг углерода, а также вращение всей молекулы вокруг оси.
et_nh.pdb Только вращение атомов водорода вокруг углерода.
et_sd.pdb Достаточно хаотичное движение атомов и молекулы вцелом.
et_vr.pdb Также показано вращение водородов вокруг углеродов. Молекула вращается в пространстве, но только вдоль одной оси. Для сравнения потенциальной и кинетической энергии была использована команда 
g_energy -f et_${i}.edr -o et_${i}_en.xvg
А с помощью команд 
set datafile commentschars "#@&"
plot "./et_be_en.xvg" using 1:2,  "./et_be_en.xvg" using 1:3
....
plot "./et_sd_en.xvg" using 1:2,  "./et_sd_en.xvg" using 1:3
были построены графики распределения энергии.

Распределение длинны связи С-С за время моделирования.

С использованием файлаb.ndx Были проанализированы связи 
g_bond -f et_${i}.trr -s et_${i}.tpr -o bond_${i}.xvg -n b.ndx
Графики, полученные вышеописанными методами. В виде dot-plot - графики распределения энергии, в виде boxes - графики распределения длин связи. Из приведенных графиков на распределение Больцмана больше всего похожи графики распределения связи, полученные методами Velocity rescale и стохастической молекулярной динамики.Однако, pdb файл, трудно проследить вращение, тогда как при использовании "Velocity rescale" все замечательно видно. Думаю, из приведенных выше методов лучше использовать "Velocity rescale" для контроля температуры.