M | K | K | V | |
S | K | I | V | R |
|
Вес пути равен 6. |
|
Вес пути равен 6. |
FDHF_ECOLI 1 MKKVVTVCPYCASGCKINLVVDNGKIVRAEAAQGKTNQGTLCLKGYYGWD 50 thirdprot 1 0 FDHF_ECOLI 51 FINDTQILTPRLKTPMIRRQRGGKLEPVSWDEALNYVAERLSAIKEKYGP 100 thirdprot 1 0 FDHF_ECOLI 101 DAIQTTGSSRGTGNETNYVMQKFARAVIGTNNVDCCARVCHGPSVAGLHQ 150 ||||||||| || | | | . thirdprot 1 KFARAVIGT-NV----R-----S---L-T 15 FDHF_ECOLI 151 SVGNGAMSNAINEIDNTDLVFVFGYNPADSHPIVANHVINAKRNGAKIIV 200 |: || : thirdprot 16 SL---AM---L 20 FDHF_ECOLI 201 CDPRKIETARIADMHIALKNGSNIALLNAMGHVIIEENLYDKAFVASRTE 250 thirdprot 21 20 FDHF_ECOLI 251 GFEEYRKIVEGYTPESVEDITGVSASEIRQAARMYAQAKSAAILWGMGVT 300 thirdprot 21 20 FDHF_ECOLI 301 QFYQGVETVRSLTSLAMLTGNLGKPHAGVNPVRGQNNVQGACDMGALPDT 350 thirdprot 21 20 FDHF_ECOLI 351 YPGYQYVKDPANREKFAKAWGVESLPAHTGYRISELPHRAAHGEVRAAYI 400 thirdprot 21 20 FDHF_ECOLI 401 MGEDPLQTDAELSAVRKAFEDLELVIVQDIFMTKTASAADVILPSTSWGE 450 thirdprot 21 20 FDHF_ECOLI 451 HEGVFTAADRGFQRFFKAVEPKWDLKTDWQIISEIATRMGYPMHYNNTQE 500 thirdprot 21 20 FDHF_ECOLI 501 IWDELRHLCPDFYGATYEKMGELGFIQWPCRDTSDADQGTSYLFKEKFDT 550 thirdprot 21 20 FDHF_ECOLI 551 PNGLAQFFTCDWVAPIDKLTDEYPMVLSTVREVGHYSCRSMTGNCAALAA 600 thirdprot 21 20 FDHF_ECOLI 601 LADEPGYAQINTEDAKRLGIEDEALVWVHSRKGKIITRAQVSDRPNKGAI 650 thirdprot 21 20 FDHF_ECOLI 651 YMTYQWWIGACNELVTENLSPITKTPEYKYCAVRVEPIADQRAAEQYVID 700 thirdprot 21 20 FDHF_ECOLI 701 EYNKLKTRLREAALA 715 thirdprot 21 20
FDHF_ECOLI 1 MKKVVTVCPYCASGCKINLVVDNGKIVRAEAAQGKTNQGTLCLKGYYGWD 50 thirdprot 1 0 FDHF_ECOLI 51 FINDTQILTPRLKTPMIRRQRGGKLEPVSWDEALNYVAERLSAIKEKYGP 100 thirdprot 1 0 FDHF_ECOLI 101 DAIQTTGSSRGTGNETNYVMQKFARAVIGTN--NVDCCARVCHGPSVAGL 148 |||||||||| ::...|.: thirdprot 1 KFARAVIGTNVRSLTSLAML 20 FDHF_ECOLI 149 HQSVGNGAMSNAINEIDNTDLVFVFGYNPADSHPIVANHVINAKRNGAKI 198 thirdprot 21 20 FDHF_ECOLI 199 IVCDPRKIETARIADMHIALKNGSNIALLNAMGHVIIEENLYDKAFVASR 248 thirdprot 21 20 FDHF_ECOLI 249 TEGFEEYRKIVEGYTPESVEDITGVSASEIRQAARMYAQAKSAAILWGMG 298 thirdprot 21 20 FDHF_ECOLI 299 VTQFYQGVETVRSLTSLAMLTGNLGKPHAGVNPVRGQNNVQGACDMGALP 348 thirdprot 21 20 FDHF_ECOLI 349 DTYPGYQYVKDPANREKFAKAWGVESLPAHTGYRISELPHRAAHGEVRAA 398 thirdprot 21 20 FDHF_ECOLI 399 YIMGEDPLQTDAELSAVRKAFEDLELVIVQDIFMTKTASAADVILPSTSW 448 thirdprot 21 20 FDHF_ECOLI 449 GEHEGVFTAADRGFQRFFKAVEPKWDLKTDWQIISEIATRMGYPMHYNNT 498 thirdprot 21 20 FDHF_ECOLI 499 QEIWDELRHLCPDFYGATYEKMGELGFIQWPCRDTSDADQGTSYLFKEKF 548 thirdprot 21 20 FDHF_ECOLI 549 DTPNGLAQFFTCDWVAPIDKLTDEYPMVLSTVREVGHYSCRSMTGNCAAL 598 thirdprot 21 20 FDHF_ECOLI 599 AALADEPGYAQINTEDAKRLGIEDEALVWVHSRKGKIITRAQVSDRPNKG 648 thirdprot 21 20 FDHF_ECOLI 649 AIYMTYQWWIGACNELVTENLSPITKTPEYKYCAVRVEPIADQRAAEQYV 698 thirdprot 21 20 FDHF_ECOLI 699 IDEYNKLKTRLREAALA 715 thirdprot 21 20
Проанализируем первое выравнивание.Здесь штрафы за открытие и за продолжение делеции равны между собой и относи- тельно малы.Поэтому для достижения основной цели - максимального веса выравнивания - алгоритму программы Needle предпочтительно искать идентичные аминокислотные остатки (17 идентичных остатка из 20),не учитывая число и про- тяженность поставленных гэпов.Однако ограничения в числе гэпов при данных параметрах все-таки есть,поскольку пра- вильного выравнивания не получилось(там нужно поставить подряд около 180 гэпов).Думается,что максимальное число гэпов в этом случае зависит от количествааминокислотных остатков во второй последовательности(в первом выравни TNNV TNNV вании число гэпов ровно 20).Также можно заметить,что участок | || при данных параметрах можно заменить на || | T-NV TN-V без уменьшения веса и такое выравнивание будет ближе к правильному.Это подтверждает,что Needle строит именно глобальное выравнивание. Стратегия второго выравнивания (штраф за начало делеции = 10 ,за продолжение = 1) направлена на уменьшение числа открытия делеций.Как результат - меньшая идентичность аминокислотных остатков (11 из 20) и всего одна делеция. Как видно,второе выравнивание тоже далеко от правильного.Это произошло потому,что ставить вторую вставку на ее правильное место,увеличив число гэпов примерно до 180,невыгодно(прибавятся веса 9 совпадений,но отнимется гораздо больший вес 180 гэпов.Получить правильное выравнивание становится возможно при сильном уменьшении штрафа за продол- жение делеции.Например,правильное выравнивание получится при следующих параметрах: -gapopen 10 -gapextend 0.1.