На главную страницу второго семестра

Матрицы весов аминокислотных замен.

Множественное выравнивание блока из базы данных BLOCKS, отвечающего белку FDHF_ECOLI.

Веса аминокислотных замен.

Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественного выравнивания блока Prok_Mboxred из базы данных BLOCKS.

Пара аминокислот nαβ pαβ qα qβ Sαβ
Val-Val 18326 0,014001925 0,063756284 0,063756284 3,568692624
Val-Ser 1444 0,001103284 0,063756284 0,02393339 -2,935720392
Val-Ile 23649 0,018068948 0,063756284 0,070471111 2,015538305

Расчеты проводились по следующим формулам:

Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественных выравниваний 200 блоков из базы данных BLOCKS

Пара аминокислот nαβ pαβ qα qβ Sαβ
Val-Val 3304509 0,014419564 0,066401426 0,066401426 3,418910544
Val-Ser 1320436 0,005761858 0,066401426 0,06898847 -1,33821466
Val-Ile 4059311 0,01771322 0,066401426 0,054351542 2,590294921

Сравнение весов аминокислотных замен.

Пара аминокислот Блок Prok_Mboxred 200 блоков BLOSUM62
Val-Val 3,568692624 3,418910544 4
Val-Ser -2,935720392 -1,33821466 -2
Val-Ile 2,015538305 2,590294921 3

Выводы.



На главную страницу второго семестра