База данных InterPro.

Описание документа InterPro.

Идентификатор документа InterPro:IPR006963
Название документа:Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region
Количество белков, в которых обнаружена данная подпись:485
Все подписи были созданы на основе БД Pfam.

Описание вложенных подписей:

Идентификатор	Имя подписи	Число белков
IPR006443	Formate dehydrogenase,alpha subunit,anaerobic	32
IPR006478	Formate dehydrogenase,alpha subunit	98
IPR006655	Prokaryotic molybdopterin oxidoreductase	698
IPR010051	Periplasmic nitrate reductase,large subunit	46
IPR010228	NADH-quinone oxidoreductase, chain G	123
IPR012271	NAD-dependent formate dehydrogenase, alpha subunit	53

Картинка,показывающая вложенность подписей:

IPR012271,перекрывание 100%
IPR006478,перекрывание 98%
IPR010051,перекрывание 97%
IPR011888,перекрывание 97%
IPR006443,перекрывание 90%

На картинке изображены количественные параметры вложенности других подписей в исходную.По ней можно определить:

Количество белков исходной подписи,не перекрывающихся с белками вложенной ( области розовогоцвета ).
Число белков,по которым идет перекрывание вложенной подписи и исходной ( область фиолетового цвета ).
Количество белков вложенной подписи, не перекрывающихся с белками исходной ( область синего цвета ).

Рассмотрим, например, первую строку.Как видно, подпись IPR012271 содержит 53 белка и полностью вложена в исходную,которая содержит 485 белков. Все остальные подписи вложены частично, т.к. число белков синей области не равно 0. Несмотря на это, процент перекрывания их с исходной почти 100%. Необходимо почеркнуть, что правила поиска белков, содержащих домен Molybdop_Fe4S4, различаются для исходной подписи и вложенных в нее. Это следует из отсутствия перекрывания подписей по аминокислотным остаткам.

Описание подписей FDHF_ECOLI,собранных в БД InterPro.

Картинка, изображающая положение мотивов в последовательности:

IPR006478	TIGR01591	Fdh-alpha
IPR006655	PS00490	MOLYBDOPTERIN_PROK_2
IPR006655	PS00551	MOLYBDOPTERIN_PROK_1
IPR006655:	PS00932	MOLYBDOPTERIN_PROK_3
IPR006656	PF00384	Molybdopterin
IPR006657	PF01568	Molydop_binding
IPR006963	PF04879	Molybdop_Fe4S4
IPR009010:	SSF50692	Asp_decarb_fold

Таблица,поясняющая картинку:

Название подписи	Положение в последовательности FDHF_ECOLI	Полное название базы данных
Fdh-alpha	6-685	TIGR
MOLYBDOPTERIN_PROK_2	433-450	PROSITE
MOLYBDOPTERIN_PROK_1	6-23	PROSITE
MOLYBDOPTERIN_PROK_3	615-642	PROSITE
Molybdopterin	61-488	PFAM
Molydop_binding	575-682	PFAM
Molybdop_Fe4S4	1-54	PFAM
Asp_decarb_fold	545-688	SUPERFAMILY

На главную страницу второго семестра