Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO.

Общее знакомство со структурой GO.

Результаты упражнения 1.

Термин	Formate dehydrogenase activity (Формиатдегидрогеназная активность)
Идентификатор GO	GO:0008863
Количество синонимов	Один (GO:0018476)
Определение термина	Катализирование реакции: формиат + NAD+ = CO2 + NADH + H+
Количество родителей	Один (одна связь is_a)
Количество дочерних терминов	Ноль

Отношение "A is B" означает, что А - частный случай В.
Отношение part_of имеет 4 варианта употребления:

Не позволяющий сделать выводы из взаимоотношения ( В включает или не включает А, А является или не является частью В)
Is_part. Означает, что если существует А, то оно обязательно является частью В.
Has_part. Означает, что если существует B, то оно обязательно включает А.
Комбинация Is_part & Has_part. Означает, что B всегда включает А, а А всегда является частью В.

В GO используется отношение A is_part_of B,которое означает, что А - часть В, но В необязательно содержит А.

Создание выборок белков с определенными функциями (поиск по идентификаторам GO в БД UniProt с помощью SRS).

	Количество белков	Запрос
Всего	7531	Query "(([uniprot-Organism:Saccharomyces] & [uniprot-Organism:cerevisiae]) \| [uniprot-Organism:Saccharomyces cerevisiae*]) "
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO	3190	Query "((([uniprot-Organism:Saccharomyces] & [uniprot-Organism:cerevisiae]) \| [uniprot-Organism:Saccharomyces cerevisiae]) & ((([uniprot-DBxref_:GO:] & [uniprot-DBxref_:C:]) & [uniprot-DBxref_:P:]) & [uniprot-DBxref_:F:*])) "
В том числе митохондриальных (GO:0005739)	361	Query "((([uniprot-Organism:Saccharomyces] & [uniprot-Organism:cerevisiae]) \| [uniprot-Organism:Saccharomyces cerevisiae]) & ((([uniprot-DBxref_:GO:0005739] & [uniprot-DBxref_:C:]) & [uniprot-DBxref_:P:]) & [uniprot-DBxref_:F:*])) "
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (TAS,IDA)	63	Query "(((([uniprot-Organism:Saccharomyces] & [uniprot-Organism:cerevisiae]) \| [uniprot-Organism:Saccharomyces cerevisiae]) & ((([uniprot-DBxref_:GO:0005739] & [uniprot-DBxref_:C:]) & [uniprot-DBxref_:P:]) & [uniprot-DBxref_:F:*])) & ((((((((((([uniprot-DBxref_:IDA.] \| [uniprot-DBxref_:TAS.]) ! [uniprot-DBxref_:ND.]) ! [uniprot-DBxref_:IC.]) ! [uniprot-DBxref_:IEA.]) ! [uniprot-DBxref_:NAS.]) ! [uniprot-DBxref_:IEP.]) ! [uniprot-DBxref_:ISS.]) ! [uniprot-DBxref_:RCA.]) ! [uniprot-DBxref_:IPI.]) ! [uniprot-DBxref_:IGI.]) ! [uniprot-DBxref_:IMP.])) " found 63 entries
В том числе только с самыми плохими доказательствами функции (ND,IC)	0

По этим данным можно заключить, что группа митохондриальных белков у Saccharomyces cerevisiae изучена весьма хорошо.Это закономерно, т.к. данный организм является хорошим объектом для биохимических исследований.

Иерархия кодов доказательств была взята из лекции по данной теме и представлена здесь.

Saccharomyces cerevisiae

Ресурсы EcoCyc.

EcoCyc - энциклопедия генов и метаболизма Escherichia coli K12.О белке FDHF_ECOLI здесь о белке можно узнать,например,следующее:

"ГДЕ?" - 1)Локализован в цитоплазме.
2)Является одним из восьми компонентов сложного формиатгидрогенлиазного комплекса .
"ЗАЧЕМ" -Участвует в окислении формиата.
"КАК" и "С ЧЕМ?"
Катализируемая реакция : формиат <=> CO2 + 2 H+ + 2 e-. Фермент катализирует углеродный обмен между формиатом и CO2 в отсутствии других электрон-акцепторных молекул и катализирует окисления формиата без отщепления кислорода от молекулы воды.

Дополнительно:

Длина последовательности 715 аминокислотных остатков.
Молекулярная масса,измеренная экспериментально 80 kД, исходя из нуклеотидной последовательности 79.374 kД.

На главную страницу четвертого семестра.