Назад

Бутстреп-анализ выравнивания мутантных последовательностей

Цель задания – получить консенсусное дерево с помощью методов
bootstrep и jackknife, сравнить их с реальным деревом
и между собой.

Деревья получаются путем последовательного применения трех программ из пакета PHYLIP:

  1. seqboot
  2. dnaml
  3. consense

    Ниже приведены деревья, полученные агоритмами bootstrep и jackknife:

    bootstrep

    jackknife

          +---------------------------F
      |                            
      |             +-------------E
      |      +-50.0-|              
      |      |      |      +------D
      |      |      +-95.0-|       
      +------|             +------C
             |                     
             |             +------A
             +--------60.0-|       
                           +------B
    		 
          +---------------------------F
      |
      |             +-------------E
      |      +-51.0-|
      |      |      |      +------D
      |      |      +-95.0-|
      +------|             +------C
             |
             |             +------A
             +--------61.0-|
                           +------B
    (F:100.0,((E:100.0,(D:100.0,C:100.0):95.0):50.0,(A:100.0,B:100.0):60.0):100.0); (F:100.0,((E:100.0,(D:100.0,C:100.0):95.0):51.0,(A:100.0,B:100.0):61.0):100.0);

    Видно, что методы очень схожи – частоты встречаемоcти внутренних ветвей (бутстреп-значения) отличаются не более чем на 2%, однако мне показалось что Jackknife быстрее. К сожалению, только одна ветвь имеет действительно приемлимое значение – 95%.
    Низкие значения могут быть обусловлены наличием короткой ветви в истинном дереве,
    которая плохо влияет на работу алгоритма Maximum Likelyhood Ниже приведено реальное дерево.

    Топология воссоздана неправильно. Возможно, это связано с тем, что короткая ветвь (2)-(3) была пропущена при анализе.

    © Галкин Иван, 2005