Функции. Онтологии

Общее знакомство со структурой GO

Из ключевых слов в документе UniProt , соответствующем белку Methionyl-tRNA synthetase я выбрал aminoacyl-tRNA synthetase. Из списка найденных в базе данных GO терминов я выбрал следующий:

Термин: aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex - аминоацил-тРНК синтетазный комплекс
Идентификатор: GO:0017101
Синонимы: аминоацил-тРНК синтетазный комплекс, мультисинтетазный комплекс
Определение: Мультибелковый комплекс найден во всех многоклеточных эукаритах. Состоит из восьми белков, проявляющих аминоацил-тРНК синтетазную активность, и трёх белков с иными функциями. Некоторые из этих субъединиц образуют димеры, поэтому в целом комплекс насчитывает не менее пятнадцати полипептидов. Все ферменты в комплексе катализируют одну реакцию - ковалентные присоединение аминокислоты к 2`- или 3`- гидроксилу 3`-концевого аденозина тРНК, но используют разные субстраты.
Количество родителей - 2 (одна связь part_of и одна is-a)
Дочерние синонимы не показаны.
Ссылка на изображение графа
Связь part_of - в данном случае (стрелка от дочернего термина к родительскому), синтетазный комплекс обязательно является частью внутриклеточного содержимого (но внутриклеточное содержимое необязательно включает в себя аминоацил-тРНК синтетазный комплекс). С другой стороны комплекс является представителем класса белковые комплексы (is_a - связь).

Создание выборок белков с определенными функциями

Протеом Saccharomyces cerevisiae. Результаты поиска в UniProt, 05.04.2006 г.

	Количество белков	Запрос в SRS
Всего	7595	"([uniprot-Organism:Saccharomyces] & [uniprot-Organism:cerevisiae]) "
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO	3193	"(([uniprot-Organism:Saccharomyces] & [uniprot-Organism:cerevisiae]) & (([uniprot-DBxref_:C:] & [uniprot-DBxref_:P:]) & [uniprot-DBxref_:F:*])) "
В том числе ядерных	700	"(([uniprot-Organism:Saccharomyces] & [uniprot-Organism:cerevisiae]) & (([uniprot-DBxref_:C:nucleus] & [uniprot-DBxref_:P:]) & [uniprot-DBxref_:F:*])) "
В том числе только с самыми хорошими доказательствами	84	"(([uniprot-Organism:Saccharomyces] & [uniprot-Organism:cerevisiae]) & (((([uniprot-DBxref_:C:nucleus] & [uniprot-DBxref_:P:]) & [uniprot-DBxref_:F:]) & ([uniprot-DBxref_:TAS.] \| [uniprot-DBxref_:IDA.])) ! (((((([uniprot-DBxref_:IMP.] \| [uniprot-DBxref_:IGI.]) \| [uniprot-DBxref_:IPI.]) \| [uniprot-DBxref_:ISS.]) \| [uniprot-DBxref_:IEP.]) \| [uniprot-DBxref_:NAS.]) \| [uniprot-DBxref_:IEA.]))) "
В том числе только с самыми плохими доказательствами	47	"(([uniprot-Organism:Saccharomyces] & [uniprot-Organism:cerevisiae]) & (((([uniprot-DBxref_:C:nucleus] & [uniprot-DBxref_:P:]) & [uniprot-DBxref_:F:]) & [uniprot-DBxref_:IEA.]) ! ((((((([uniprot-DBxref_:IMP.] \| [uniprot-DBxref_:IGI.]) \| [uniprot-DBxref_:IPI.]) \| [uniprot-DBxref_:ISS.]) \| [uniprot-DBxref_:IEP.]) \| [uniprot-DBxref_:NAS.]) \| [uniprot-DBxref_:TAS.]) \| [uniprot-DBxref_:IDA.]))) "

Я пользовался общепринятой иерархией кодов доказательств:
TAS/IDA
IMP/IGI/IPI
ISS/IEP
NAS
IEA
Так как белков с самыми плохими аннотациями меньше, чем белков с самыми хорошими и немалая часть белков иммеет все три онтологии GO, можно сделать вывод, что ядерные белки Saccharomyces cerevisiae хорошо изучены.

Описание функций белка SYM_ECOLI с помощью ресурсов EcoCyc

SYM_ECOLI является членом семейства аминоацил-тРНК синтетаз которые интерпретируют генетический код, ковалентно связывая аминокислоты с соответствующими тРНК. Реакция идет с затратой АТФ.