На главную страницу четвертого семестра
Исследование филогенетического дерева белков семейства MIP из Bacillales и Betaproteobacteria
Составление выборки аминокислотных последовательностей
Белки семейства MIP - белки, выполняющие, фактически, две различные функции: специфический транспорт воды аквапоринами и
транспорт небольших нейтральных растворенных веществ, таких как глицерол, глицероловыми посредниками. Идентификатор Pfam -PF00230,
поиск проводился с посощью SRS по полям taxonomy и DBxref для белков архей и бактерий, для белков внешней группы (юелки эукариот) - по полю Entry Name.
Из белков бактерий отбирались последовательности длиной не менее 200 а.о. и принадлежащие разным видам бактерий. Внутри вида выбирался
штамм с нааибольшим количеством белков. Список таксонов можно посмотреть, щелкнув по гипрессылке.
Построение филогенетического дерева
Выравнивание и дерево (построенное по методу Neighbour-joining) получены с помощью программы ClustalX. Для визуализации и редактирования
была использована программма GeneMaster.
На рисунке красным цветом выделены ветви и вершины, соответствующие белкам архей, жирным шрифтом и подчеркиванием -
белки внешней группы. Легко заметить, что обе группы не образуют обособленных клад.
Последовательности
|
Список таксонов
|
|
|
Построение таксономического дерева
С помощью сервера NCBI было построено таксономическое дерево для найденных организмов. Так как некоторые названия сервер не "узнавал"
пришлось отредактировать список таксонов удалив, из таких имен названия линий, вторые имена и т.п. (Отредактированный список см. выше).
Полученное дерево было сохранено в текстовом формате и формате Phylip.
Для получения с помощью GeneMaster изображения дерева, файл был отредактирован : пробелы заменены на знак "_", убраны одиночные кавычки.
Анализ дерева
В полученном дереве жирным шрифтом отмечены последовательности внешней группы, красным шрифтом-архей.
Паралогами являются все найденные белки одного организма (так как предполагается что все эти белки - гомологи). Они отмечены числами. Например:
- Q62FZ9_BURMA и Q62MJ7_BURMA
- Q81L86_BACAN и Q6I2E7_BACAN
- Q7NU39 - AQPZ_CHRVO и Q7P1G1_CHRVO
Ортологами могут считаться белки выходящие из одного узла дерева (что можно установить
совмещением данных филогенетического дерева белков и таксономического (предполагается, разумеется, что таксономия отражает
родственные связи между организмами)) (для уверенности рассматриваются только группы по 2-3 белка, они отмечены цветами). Например:
- Q65M12_BACLD и GLPF_BACSU
- O26206|AQPM_METTH и Q9C4Z5|AQPM_METTM
- Q3RZ91_RALME и Q46VS8_RALEJ
В целом филогенетическое дерево отвечает таксономическому. наличие же бактериальных последовательностей сходных с таковыми архей, эукариот
является лишним подтверждением того, что эти последовательности являются потомками одной последовательностями, т.к. имеются
слабо дивергивовшие последовательности.
©
Фадеев Андрей, 2006