На главную страницу четвертого семестра

Исследование филогенетического дерева белков семейства MIP из Bacillales и Betaproteobacteria

Составление выборки аминокислотных последовательностей


Белки семейства MIP - белки, выполняющие, фактически, две различные функции: специфический транспорт воды аквапоринами и транспорт небольших нейтральных растворенных веществ, таких как глицерол, глицероловыми посредниками. Идентификатор Pfam -PF00230, поиск проводился с посощью SRS по полям taxonomy и DBxref для белков архей и бактерий, для белков внешней группы (юелки эукариот) - по полю Entry Name. Из белков бактерий отбирались последовательности длиной не менее 200 а.о. и принадлежащие разным видам бактерий. Внутри вида выбирался штамм с нааибольшим количеством белков. Список таксонов можно посмотреть, щелкнув по гипрессылке.

Построение филогенетического дерева


Выравнивание и дерево (построенное по методу Neighbour-joining) получены с помощью программы ClustalX. Для визуализации и редактирования была использована программма GeneMaster.
На рисунке красным цветом выделены ветви и вершины, соответствующие белкам архей, жирным шрифтом и подчеркиванием - белки внешней группы. Легко заметить, что обе группы не образуют обособленных клад.

Последовательности Список таксонов

Построение таксономического дерева


С помощью сервера NCBI было построено таксономическое дерево для найденных организмов. Так как некоторые названия сервер не "узнавал" пришлось отредактировать список таксонов удалив, из таких имен названия линий, вторые имена и т.п. (Отредактированный список см. выше).
Полученное дерево было сохранено в текстовом формате и формате Phylip. Для получения с помощью GeneMaster изображения дерева, файл был отредактирован : пробелы заменены на знак "_", убраны одиночные кавычки.

Анализ дерева

В полученном дереве жирным шрифтом отмечены последовательности внешней группы, красным шрифтом-архей.

Паралогами являются все найденные белки одного организма (так как предполагается что все эти белки - гомологи). Они отмечены числами. Например:
Ортологами могут считаться белки выходящие из одного узла дерева (что можно установить совмещением данных филогенетического дерева белков и таксономического (предполагается, разумеется, что таксономия отражает родственные связи между организмами)) (для уверенности рассматриваются только группы по 2-3 белка, они отмечены цветами). Например: В целом филогенетическое дерево отвечает таксономическому. наличие же бактериальных последовательностей сходных с таковыми архей, эукариот является лишним подтверждением того, что эти последовательности являются потомками одной последовательностями, т.к. имеются слабо дивергивовшие последовательности.
© Фадеев Андрей, 2006