Изображение области связывания PG-5 с LOLB_ECOLI

Красными шариками показан лиганд - PG-5
сиреневым цветом - зона контакта белка и лиганда

Проект генно-инженерного эксперимента:

1) Список аминокислотных остатков белка (цепь А), контактирующих с лигандом TRP52; LEU64; ILE118; LEU114; PHE37; MET107; ILE109. Приведены названия аминокислот и их номера в цепи)
2) Предложение замены аминокислотного остатка белка, которая может привести к потере способности связывания белка с лигандом: это замена остатка LEU на глутаминовую кислоту.
3) Предложение замены аминокислотного остатка белка, контактирующего с лигандом, но тем не менее, предположительно, мало влияющей на способность связывания с ним: это замена остатка LEU на изолейцин
4) Обоснование предлагаемых замен:
а) замены, предложеной в п.2: лейцин- гидрофобная аминокислота, а глутаминовая кислота - гидрофильная, если аминокислоту заменить, то взаимодействие измениться,и сила, удерживающая белок и лиганд вместе, уменьшится.
б) ) замены, предложенной в п.3: лейцин и изолейцин отличаются друг от друга не значительно, только лишь положением CH3 группы. И поэтому замена не должна сильно повлиять.