Исследование филогенетического дерева семейства MIP из Bacillales, Pseudomonadaceae.

1.Составление выборки аминокислотных последовательностей

С помощью SRS в БД UniProt были найдены аминокислотные последовательности, соответствующие нижеследующей выборке.

- белки семейства MIP, PF00230, из таксонов Bacillales, Pseudomonadaceae; (Данная выборка была профильтрована из разных штаммов одного вида бактерий был выбран только один штамм, также не были взяты последовательности длинной менее 200 а.о.)

- все белки семейства MIP, PF00230, из архей;

- внешняя группа — Q65YQ3_CHICK, Q5W916_BOMMO, AQP3_HUMAN.

На основе этой выборки был создан текстовой файл с перечнем организмов выборки (taxon_names.txt).

И файл, содержащий все последовательности выборки.

2.Построение филогенетического дерева

На основе последовательностей выборки было построено множественное выравнивание помощью программы ClustalX. Далее было реконструируйте филогенетическое дерево по алгоритму ближайших соседей (Neighbour-Joining) с помощью программы eneighbor. Для получения приемлемого изображения и редактирования дерева использовалась программа GeneMaster.

Получившееся изображение.

На рисунке:

Ветви, соответствующие внешней группе, потолще, а соответствующие подписи вершин выделены жирным шрифтом и подчеркнуты.
Ветви и вершины,соответствующие архейным белкам покрашены красным цветом.

Файл для GeneMaster можно посмотреть здесь

3.Построение таксономического дерева.

Таксономическое дерево было построено при помощи веб-сайта NCBI.

Его можно посмотреть здесь

4.Анализ дерева.

Были найдены пары ортологов (белки, находящиеся в разных организмах, но имеющие общего предка и зачастую выполняющие общую функцию) и паралогов (гомологичные белки в одном протеоме).

Изображение можно посмотретьздесь Ортологи отмечены светло-сиреневым цветом. Паралоги - зеленым, синим, темно - сиреневым. Предполагаемые пары ортологов:

Q81U59_BACAN
Q73CE1_BACC1

Q6GHD6_STAAR
Q4L602_STAHJ

Q92BH5_LISIN
Q8Y6Z1_LISMO

Предполагаемые пары паралогов:

Q72ZN5_BACC1
Q74NS9_BACC1

Q6I2E7_BACAN
Q81L86_BACAN

Q49X92_STAS1
Q49UD3_STAS1