На главную страницу

Классификация функций. Ферменты.

Код фермента и его обозначения.

 EC 1.3.3.4

EC 1 - оксидоредуктазы

EC 1.3 - действуют на CH-CH группы доноров

EC 1.3.3 - содержат кислород в качестве акцептора

EC 1.3.3.4 - протопорфирогенная оксидаза

Характеристика фермента EC 1.3.3.4 с помощью специализированного ресурса Brenda.

Ниже приеден рисунок со схемой ферментативной реакции данного фермента.

Общее число ферментов с таким кодом равно 89.

У ферментов с данным кодом бывают нижеследующие ингибиторы и активаторы.

Ингибиторы:

Билирубин.

Активаторы:

Флавинадениндинуклеотид.

Оптимум рН = 6-8.7

Сравнение ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов.

По заданному коду 1.3.3.4 с помощью SRS вSWISS-Prot был проведен поиск ферментов из 3-х хорошо изученных модельных организмов - кишечной палочки Escherichia coli K-12, археи Methanococcus jannaschii и человека.

Структура запроса: ([swissprot-ECNumber:1.3.3.4*] & (([swissprot-ID:*_Ecoli*] | [swissprot-ID:*_Human*]) | [swissprot-ID:*_Metja*])) По данному запросу было найдено два белка из кишечной палочки и человека, а в археи такого не оказалось.

Сравнивались только домены Pfam.

идентификатор положение в последовательности
PF00258 5-56
PF01593 12-471

Если белки имеют одинаковый ЕС номер, то это означает, что они действуют по одному и тому же механизму. Но найденные домены - негомологичны. Получается, что разные белки выполняют одну и ту же функцию. Возможно это проявление конвергенгенции в эволюции.

Нет смысла делать глобальное выравнивание. Локальное выравнивание программой было сделано программой water. Идентичность составляет 35.5%.

Такие результаты, и то что, данного белка не оказалось в археях могут говорить о том, что этот фермент хорошо эволюционировал и в таком виде имеется только у человека. Но в кишечной палочке имеется домен сходный(по механизму действия) с доменом у человека. При этом можно предположить, что тот участок, который у них совпадает(с идентичностью 35.5%) является важным и отвечает за основную функцию этого фермента.

Последовательности доменов извлекались с помощью нижеследующего скрипта:

seqret sw:P0ACB4 -sask

seqret sw:P50336 -sask

Вравнивание было получено следующим скриптом:

water hemg_ecoli.fasta ppox_human.fasta ecoli_human.water -gapopen 10.0 -gapextend 0.5

Ниже приведено выравнивание:

локальное выравнивание 
# Program: water
# Rundate: Tue Mar 14 2006 18:04:01
# Align_format: srspair
# Report_file: human_ecoli.water
########################################

#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: PPOX_HUMAN
# 2: HEMG_ECOLI
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 31
# Identity:      11/31 (35.5%)
# Similarity:    17/31 (54.8%)
# Gaps:           1/31 ( 3.2%)
# Score: 32.0
# 
#
#=======================================

PPOX_HUMAN        64 VSELGLDSEVLPV-RGDHPAAQNRFLYVGGA     93
                     :.|||:.::|..| |.:.|..:|....|.||
HEMG_ECOLI        21 LKELGIQADVANVHRIEEPQWENYDRVVIGA     51

© Хайруллина Гузель,2006