Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO.

Было выберано одно из ключевых слов в документе UniProt, соответствующих белку LOLB_ECOLI. На главном сайте консорциума GO был провен поиск выбранного термина среди терминов GO.

Результаты:

Термин: Внешняя мембрана Outer membrane

Идентификатор GO: 0019867

Количество синонимов = 0

Определение термина:Внешняя мембрана Грамм-отрицательных бактерийили некоторых органелл, таких как митохондрии или хлоропласты. Проницаемая для большинства ионов и метаболитов.

Количество родителей

число связей

is_a: 0

part_of: 1

Количество дочерних терминов

число связей

is_a: 0

part_of: 0

Связь типа is_a появляется тогда, когда дочерний термин являются частью родительского, но при этом дочерний полностью входит в родительский, например, термин cell, полностью содержит в себе термин cellular_component.

Связь типа part_of это когда дочерний термин входит в материнский, но материнский не всегда может содержать такой дочерний термин. Например, plasma membrane может содержать death-inducing signaling complex, а может и не содержать. (в моем графе такого не оказалось и я взяла этот граф) Но есть случаи когда материнский термин обязательно содержит дочерний, например, membrane содержит в себе outer membrane.

Исследование качества аннотации функции у группы белков эндоплазматического ретикулюма организма Anopheles gambiae.

Количество белков Запрос

Всего 16277 (([uniprot-Organism:Anopheles*] & [uniprot-Organism:gambiae*]) | [uniprot-Organism:Anopheles gambiae*])

С идентификаторами всех 3-х онтологий GO 2805 ((([uniprot-Organism:Anopheles*] & [uniprot-Organism:gambiae*]) | [uniprot-Organism:Anopheles gambiae*]) & (([uniprot-DBxref_:C:*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*]))

В том числе эндоплазматического ретикулюма 39 "((([uniprot-Organism:Anopheles*] & [uniprot-Organism:gambiae*]) | [uniprot-Organism:Anopheles gambiae*]) & (([uniprot-DBxref_:C:Endoplasmic reticulum*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*])) "

В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции 0

В том числе только с самыми плохими доказательствами функции (IEA). 39 "((((([uniprot-Organism:Anopheles*] & [uniprot-Organism:gambiae*]) | [uniprot-Organism:Anopheles gambiae*]) & (([uniprot-DBxref_:C:Endoplasmic*] & [uniprot-DBxref_:reticulum*]) | [uniprot-DBxref_:C:Endoplasmic reticulum*])) & (((((((([uniprot-DBxref_:IEA.*] ! [uniprot-DBxref_:TAS.*]) ! [uniprot-DBxref_:IDA.*]) ! [uniprot-DBxref_:ISS.*]) ! [uniprot-DBxref_:IMP.*]) ! [uniprot-DBxref_:IGI.*]) ! [uniprot-DBxref_:ISS.*]) ! [uniprot-DBxref_:IEP.*]) ! [uniprot-DBxref_:NAS.*])) & ([uniprot-DBxref_:F:*] & [uniprot-DBxref_:P:*])) "

При вышележащем поиске была использована общепринятая иерархия кодов доказательств

Изображение Anopheles gambiae, полученное с сайта NCBI.

	Количество белков	Запрос
Всего	16277	(([uniprot-Organism:Anopheles] & [uniprot-Organism:gambiae]) \| [uniprot-Organism:Anopheles gambiae*])
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO	2805	((([uniprot-Organism:Anopheles] & [uniprot-Organism:gambiae]) \| [uniprot-Organism:Anopheles gambiae]) & (([uniprot-DBxref_:C:] & [uniprot-DBxref_:F:]) & [uniprot-DBxref_:P:]))
В том числе эндоплазматического ретикулюма	39	"((([uniprot-Organism:Anopheles] & [uniprot-Organism:gambiae]) \| [uniprot-Organism:Anopheles gambiae]) & (([uniprot-DBxref_:C:Endoplasmic reticulum] & [uniprot-DBxref_:F:]) & [uniprot-DBxref_:P:])) "
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции	0
В том числе только с самыми плохими доказательствами функции (IEA).	39	"((((([uniprot-Organism:Anopheles] & [uniprot-Organism:gambiae]) \| [uniprot-Organism:Anopheles gambiae]) & (([uniprot-DBxref_:C:Endoplasmic] & [uniprot-DBxref_:reticulum]) \| [uniprot-DBxref_:C:Endoplasmic reticulum])) & (((((((([uniprot-DBxref_:IEA.] ! [uniprot-DBxref_:TAS.]) ! [uniprot-DBxref_:IDA.]) ! [uniprot-DBxref_:ISS.]) ! [uniprot-DBxref_:IMP.]) ! [uniprot-DBxref_:IGI.]) ! [uniprot-DBxref_:ISS.]) ! [uniprot-DBxref_:IEP.]) ! [uniprot-DBxref_:NAS.])) & ([uniprot-DBxref_:F:] & [uniprot-DBxref_:P:*])) "