Область связывания была выделена с помощью
программы RasMol и команды "within"
которая отображает аминокислотные остатки, находящиеся
на заданном расстоянии от лиганда. AA1(Arg 79) aминокислота наиболее
активно участвующая в связывании белка ADPP_ECOLI и лиганда ADV. AA2(GLU 112) аминокислота наименее активно участвующая в связывании
Проект генно-инженерного эксперемента
1.Список аминокислотных остатков белка, контактирующих с молекулой ADV:
Phe28, Phe29, Arg51, Glu52, Arg56, Arg79, Gly97,Met98, Glu112, Glu116, Pro134, Gly135, Glu139,Glu162, Glu164
2.Замена аминокислотного остататка-Arg79 может привести к потере способности связывания ADV и белка. Среди 20-ти основных аминокислот Аргинин, единственный аминокислотный остаток, который имеет радикал содержащий три атома азота. Вследствие этого замена его на похожее основание невозмозно. Аргинин образует 2-е водородные связи на малом расстоянии (2.9 А, 2.7А), что свидетельствует о его значимости в связывании белка и ADV
3. Glu112 Данный аминокислотный остаток соединяестя c ADV водородной связью на расстоянии 3,5 А. Замена его например на Глутамин может быть совсем незначительна.
Глутамин и Глутаминовая кмслота являются гидрофильными аминокислотными остатками, что свидетельствует о возможности замены без значительных изменений во взаимодействии белка и ADV