На главную страницу

Второй семестр

Глобальное и локальное выравнивание аминокислотных последовательностей

Матрицы переходов

Глобальное выравнивание

     Последовательности для построения матрицы
     переходов глобального выравнивания были выбраны
     следующим образом:

  • Первая последовательность получена из первых 4 остатков белка ADPP_ECOLI
  • Вторая последовательность, получена из первых 4 остатков белка
    ADPP_ECOLI 2 из которых были заменены и дополнительной
    вставки одного остатка

    Для построения матрицы использовались
    следующие параметры:

    • вес замены: -1
    • вес делеции: -2
    • вес совпадения: 2

    Вес оптимального пути равен   0 : 
      MLKP-
  |  |
  MIRPW

Локальное выравнивание

     Последовательности для построения матрицы
     переходов глобального выравнивания были выбраны
     следующим образом:

  • Первая последовательность получена из первых 9 остатков белка ADPP_ECOLI
  • Вторая последовательность, получена из 2,3,7,8,9 остатков белка ADPP_ECOLI

    Для построения матрицы использовались
    следующие параметры:

    • вес замены: -1
    • вес делеции: -2
    • вес совпадения: 2

Оптимальное выравнивание:
Вес равен  6 
   MLKPDNLPV
         |||
   ----LKLPV

Субоптимальное выравнивание:
Вес равен  4 
   MLKPDNLPV
    ||
   -LKLPV---

Влияние параметров на глобальное выравнивание

Оба нижеприведенных выравнивания были получены при помощи программы NEEDLE

Были взяты следующие две последовательности:
1) последовательность белка ADPP_ECOLI
2) послеоваетльность составленная из двух небольших фрагментов так же белка ADPP_ECOLI

Выравнивание строилось со следующими параметрами:

  • Цена за открытие делеции — 10;
  • Цена за продолжение делеции — 1.

Результаты выравнивания:

  • Length: 210
    (длина выравнивания)
  • Identity: 17/210 ( 8.1%)
    (процент идентичности последовательностей)
  • Similarity: 19/210 ( 9.0%)
    (процент сходства последовательностей)
  • Gaps: 184/210 (87.6%)
    (суммарное количество гэпов )
  • Score: 71.0
    (вес выравнивания)



Выравнивание строилось со следующими параметрами:

  • Цена за открытие делеции — 1;
  • Цена за продолжение делеции — 1.

Результаты выравнивания:

  • Length: 211
    (длина выравнивания)
  • Identity: 20/211 ( 9.5%)
    (процент идентичности последовательностей)
  • Similarity: 22/211 ( 10.4%)
    (процент сходства последовательностей)
  • Gaps: 186/211 (88.2%)
    (суммарное количество гэпов )
  • Score: 96.0
    (вес выравнивания)

Сравнивая данные два выравнивания, логично было бы предположить, что первое является более предпочтительным,  даже несмотря на то, что его вес меньше веса второго выравнивания. так как вероятность того, что произойдет одна большая вставка, в процессе эволюции порядком выше нежеле, частые замены отдельных остатков.

© Таций Ольга, 2005