Реконструкция филогенетического дерева с помощью 4-х разных методов

Исходное филогенетическое дерево

Матрица попарных расстояний:
* была получена с помощью программы ednadist. Предварительно было построено выравнивание последовательностей , соответствующих листьям начального дерева.

    6
A           0.0000  0.8631  1.6199  1.6920  1.6062  1.7719
B           0.8631  0.0000  1.5172  1.5668  1.3956  1.6062
C           1.6199  1.5172  0.0000  0.3470  0.4351  0.6504
D           1.6920  1.5668  0.3470  0.0000  0.4700  0.6619
E           1.6062  1.3956  0.4351  0.4700  0.0000  0.6355
F           1.7719  1.6062  0.6504  0.6619  0.6355  0.0000

Реконструкция методом UPGMA:
*программа eneighbor


                        +-------------------------A         
  +---------------------4  
  !                     +-------------------------B         
  !  
--5                                    +----------C         
  !                                 +--1  
  !                           +-----2  +----------D         
  !                           !     !  
  +---------------------------3     +-------------E         
                              !  
                              +-------------------F   

((A:0.43155,B:0.43155):0.36694,(((C:0.17350,D:0.17350):0.05278,
E:0.22628):0.09836,F:0.32463):0.47385)

Реконструкция методом Neighbor-Joining:
*программа eneighbor


 
        +----C         
     +--2  
  +--3  +-----D         
  !  !  
  !  +-----E         
  !  
--4-----------F         
  !  
  !                         +--------------A         
  +-------------------------1  
                            +----------B   

(((C:0.15563,D:0.19137):0.08246,E:0.19659):0.02708,F:0.39247,(A:0.50707,
B:0.35603):0.86503)

Реконструкция методом Maximum Likelihood:
*программа ednaml


                                                 +------D
                                        +--------5
                                        !        +------C
                            +-----------4
                            !           !
            +---------------3           +--------F
            !               !
  +---------2               +-----------E
  !         !
  !         +-------------B          
--1
  !                     
  !              
  +--------------------A  

(B:0.37622,(E:0.17030,(F:0.47787,(D:0.20197,C:0.16455):0.06927):0.06484):1.41918,
A:0.82072)

Реконструкция методом Parsimony:
*программа ednapars

+------D +--------5 ! +------C +-----------4 ! ! +-----------3 +--------E ! ! +--2 +-----------F ! ! ! +-----------B --1 ! ! +--------------A (((F,(E,(D,C))),B),A)

Cравнение топологии исходного филогенетического дерева модели и 4-х вариантов его реконструкции

Ветвь	Исходное дерево модели	UPGMA	NJ	ML	Parsimony
`ABCDEF`	Исходное дерево модели	UPGMA	NJ	ML	Parsimony
`110000`	+	+	+	+	+
`001100`	+	+	+	+	+
`110001`	+	+	+	-	+
`110010`	-	-	-	+	-

Укорененное и ультраметрическое дерево было получено при реконструкции методом UPGMA.

Наиболее эффективным при выполнении задания оказался метод UGPMA

Реконструкция хода эволюции при такого уровня расстояниях между последовательностями оказалась надежной.

матрицу попарных расстояний используют метод UGPMA и Neighbor-Joining, символьно-ориентированными являются оставшиеся два метода: Maximum Likelihood и Parsimony