Бутстреп-анализ и визуализация деревьев в пакете PHYLIP

Исходное дерево

                        +-------------------------A         
  +---------------------|  
  !                     +-------------------------B         
  !  
  |                                    +----------C         
  !                                 +--|  
  !                           +-----|  +----------D         
  !                           !     !  
  +---------------------------|     +-------------E         
                              !  
                              +-------------------F

Косенсусное дерево

*получено с помощью последовательного использования программ: seqboot,dnaml,consense.

  +----------------------------------B
  |
  |             +--------------------E
  |      +100.0-|
  |      |      |      +-------------F
  |      |      +-57.0-|
  +------|             |      +------D
         |             +-92.0-|
         |                    +------C
         |
         +---------------------------A

Ветки выбранные бутстреп-анализом и вошедшие косенсусное дерево

befdca
.****.                     100.00
...**.                     92.00
..***.                     57.00

Ветки, которые не вошли в косенсусное дерево

befdca
.*.**.                     33.00
.**...                     10.00
.***..                      6.00
.**.*.                      2.00

Мы видим, что среди веток не вошедших в косенсусное дерево, есть ветка исходного дерева с бутсреп значением 33. Можно предположить, что эта ветка является не достоверной.

Создание программами пакета PHYLIP два графических изображения дерева, которое было получено методом Neighbor-Joining: в бескорневом виде и в виде филограммы, укоренённой в среднюю точку.

Из скобочной формулы нужного дерева(то, которое получили методом Neighbor-Joining)при помощи программы drawtree было получено данное изображение.

Для поучения данного изображения, была запущена программа drawgram. Установлены параметры так, чтобы была нарисована филограмма ("phenogram" и "use branch lengths" в терминологии PHYLIP), ориентированная горизонтально.