Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

• Термин — 2,5-dioxopiperazine hydrolase activity

  (гидролазное воздействие на 2,5-диоксопиперазин)

• Идентификатор GO

• Количество синонимов — 0

• Определение термина — Катализ реакции:

  2,5-диоксопиперазин + H2O = глицилглицин

• Количество родителей — 1 (is_a связь)

• Количество дочерних терминов — нет

Показать, чем отличаются связи типа is_a и типа part_of на примере полученного графа нельзя т.к. в этом графе присутствуют только связи типа is_a.

В принципе, связи is_a и part_of отличаются следующим: Связь is_a означает, что дочерний термин является частным случаем родительского. Связь part_of означает, что дочерний термин является частью родительского, при этом родительский термин не обязательно содержит дочерний.

Исследование качества аннотации функции у белков Anopheles gambiae, локализованных в Цитоплазме.

	Количество белков	Запрос в SRS
Всего	16302	"(([uniprot-Organism:Anopheles*] & [uniprot-Organism:gambiae*]) | [uniprot-Organism:Anopheles gambiae*]) "
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO	2810	"((([uniprot-Organism:Anopheles*] & [uniprot-Organism:gambiae*]) | [uniprot-Organism:Anopheles gambiae*]) & (((([uniprot-DBxref:C:*] & [uniprot-DBxref:P:*]) & [uniprot-DBxref:F:*]) | [uniprot-DBxref:C: P: F:*]) > parent )) "((([uniprot-Organism:Anopheles] & [uniprot-Organism:gambiae]) | [uniprot-Organism:Anopheles gambiae]) & ((([uniprot-DBxref:C:*] & [uniprot-DBxref:P:*]) & [uniprot-DBxref:F:*]) > parent ))
В том числе локализованных в Цитоплазме	131	((([uniprot-Organism:Anopheles] & [uniprot-Organism:gambiae]) | [uniprot-Organism:Anopheles gambiae]) & ((([uniprot-DBxref:C:cytoplasm] & [uniprot-DBxref:P:*]) & [uniprot-DBxref:F:*]) > parent ))
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (TAS/IDA)	0
В том числе только с самыми плохими доказательствами функции (IEA)	131	"(((([uniprot-Organism:Anopheles*] & [uniprot-Organism:gambiae*]) | [uniprot-Organism:Anopheles gambiae*]) & (((([uniprot-DBxref:C:cytoplasm*] & [uniprot-DBxref:P:*]) & [uniprot-DBxref:F:*]) | [uniprot-DBxref:C:cytoplasm P: F:*]) > parent )) & (([uniprot-DBxref:IEA.*] ! (((((([uniprot-DBxref:IDA*] | [uniprot-DBxref:TAS.*]) | [uniprot-DBxref:IMP.*]) | [uniprot-DBxref:IPI.*]) | [uniprot-DBxref:IGI.*]) | [uniprot-DBxref:ISS.*]) | [uniprot-DBxref:NAS.*])) > parent ))

Самые хорошие доказательства определялись по наличию кодов IDA или TAS, а самые плохие доказательства - по наличию кода IEA. У всех локализованных в Цитоплазме белков Anopheles gambiae, аннотированных в GO, присутствовал только код IEA. Из этого можно сделать вывод, что рассматриваемая группа белков аннотирована недостаточно хорошо.