Задание 1

Найдено 3 мотива.

Мотив 1
1. Координаты в COTA_BACSU: 486-507
2. P-value для COTA_BACSU: 3.07e-24
3. Длина: 21
4. E-value = 7.5e-046

Мотив 2
1. Координаты в COTA_BACSU: 141-180
2. P-value для COTA_BACSU: 1.67e-37
3. Длина: 39
4. E-value = 4.5e-037

Мотив 3
1. Координаты в COTA_BACSU: 234-270
2. P-value для COTA_BACSU: 1.85e-35
3. Длина: 36
4. E-value = 1.6e-033

Задание 2

Границы мотива обозначены зелеными буквами.

Мотив1

При выравнивании muscle были вставлены гэпы. Это связано с тем, что в 578 колонке у LAC1_MELAO встречается аминокислота, относящаяся к консервативной группе. При этом мотив в данном белке заканчивается на 568 колонке. Мотив не найден у белка SUFI_HAIEN.

Мотив2

Мотив не найден у PCAO_ECOLX и LAC1_MELAO. Выравнивания совпадают.

Мотив3

Мотив в выравнивании muscle разделен гэпами. Это связано с тем, что в белках PCAO_ECOLX и LAC1_MELAO есть консервативные участки, которые можно было выровнять с остальными только таким образом, но мотив в них не найден.

Задание 3

mastout.html

В seed.fasta имеется 127 последовательностей. В 103 найден 1-ый мотив. У 4-ех найден 2-ой мотив. 3-ий мотив не найден. Выравнивание, взятое из Pfam соответствует мотивам.