1.

seq1

E

P

E

V

K

T

V

V

H

L

H

G

-

G

V

T

P

D

D

S

D

seq2

E

P

E

V

P

T

V

V

H

L

H

G

K

G

S

T

P

N

E

S

Q

Вес

5

7

5

4

-1

5

4

4

8

4

8

6

-12

6

-2

5

7

1

2

4

5

Вес выравнивания: 75

2. Файл с выравниванием
Выравнивания совпали. Программа посчитала вес выравнивания - 70.

3. a) Участки:
COTA_BACSU: [10:503]
CUEO_ECO57 [34:511]
b) Совпадают
c) Больший вес имеет локальное выравнивание. Вес оптимального глобального выравнивания не может быть больше, так как там больше гэпов.