Паттерны и профили

Упражнение 1

a)

Участок ограничен зелеными колонками, не включая их.
b) 

Характеристика паттерна Паттерн В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
Фрагмент последовательности R-F-R-V-I-N-A-S-N 1 Найден только COTA_BACSU
Сильный R-[LF]-R-[VIFL]-[ILV]-[ND]-[ATG]-[SAC]-[NTAVL] 31 Все найдены.
Слабый R-[AILMFWYV]-R-[AILMFWYV]-[ILV]-[ND]-[AVSTG]-[SACGVT]-[STNQAILMFWYV] 157 Все

 

Упражнение 2

Идентификатор документа PROSITE (AC) Название мотива Краткое описание мотива Тип подписи (паттерн, профиль) Паттерн (регулярное выражение) Специфична ли подпись? Сколько мотивов нашлось в белке?
PS00005 PKC_PHOSPHO_SITE Сайт С-фосфорилирования протеинкиназы Паттерн [ST]-x-[RK] Неспецифична 9
PS00006 CK2_PHOSPHO_SITE Сайт фосфорилирования казеиновой киназы II Паттерн [ST]-x(2)-[DE] Неспецифична 8
PS00007 TYR_PHOSPHO_SITE Сайт фосфорилирования тирозиновой киназы Паттерн [RK]-x(2)-[DE]-x(3)-Yor[RK]-x(3)-[DE]-x(2)-Y Неспецифична 2
PS00008 MYRISTYL Сайт N-миристоилирования Паттерн G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P} Неспецифична 2
PS00001 ASN_GLYCOSYLATION Сайт N-гликозилирования Паттерн N-{P}-[ST]-{P} Неспецифична 2