Задание 3
Расположение атиомов тимидина относительно большой и малой бороздок. В В-форме.

Основные спиральные параметры разных форм ДНК.

3. Торсионные углы в структурах А- и В-форм.

Задание 4

1.Торсионные углы в структуре ДНК из файла DNA-1CF7.pdb 

Самый деформированный – 5С.


2.  Структура тРНК. Файл RNA-1EVV.pdb
Стебли образуют нуклеотиды: 1-7, 49-54, 39-44, 10-14, 22-31, 61-72.
Неканоническая пара оснований: G-U

3. Стекинг взаимодействия.

   step      i1-i2         i1-j2        j1-i2         j1-j2         sum

  13 uP/Ga  5.72( 1.89)  0.00( 0.00)  0.00( 0.00)  8.48( 3.73) 14. 20( 5.63)