1) getorf –sequence d89965.entret –outseq d89965_trnslatedorf –minsize 30 –find 1 Открытой рамке, указанной в FT соответствует 5-ая найденная рамка. Файл с последовательность из swiss-prot: P0A7B8.fasta. Последовательность соответствует 9-ой найденной рамке считывания. Авторы ошиблись, последовательность мРНК и белок принадлежат E.coli. Но EMBL – неинспектируемая база данных, поэтому никто не исправил.

2,3) Команды:

blastn –task blastn –db bl –evalue 0.01 –outfmt 6 –query trna_bacsu.fasta –out trna_blastn

blastn –task blastn –db bl –evalue 0.01 –outfmt 6 –reward 5 –penalty -4 –gapopen 10 –gapextend 6–query trna_bacsu.fasta  –out trna_blastn_2

blastn –task blastn –db bl –evalue 0.01 –outfmt 6 –reward 5 –penalty -4 –gapopen 10 –gapextend 6 –word_size 4 –query trna_bacsu.fasta  –out trna_blastn_3

4) Количество найденных гомологов остается почти неизменным при изменении параметров расчета веса выравнивания и в целом увеличивается при уменьшении длины слова. BSn5_t21028 и участок 176614..176672 (есть в 3-ем, нет в 1-ом и 2-ом) bl_part.fasta
Нет в первом, и во втором, так как длина слова больше для этих запусков. А участок попадает в результате только при меньшей длине слова. Выравнивание:

 Длина: 62
 Идентичность: 66.1%
 Схожесть:     66.1%
 Gaps:         5/62 (8.1%)
 Вес: 141.0
 




AE017333           1 ---ggtctagctcaattggtagagcaactgacttgtaatcagtaggttgggggttcaagtcc     59    
                        ||..|||||||..|||.||||||.|||.|||..||.|||..|||.||.|||||.||.         
BSn5_t21028        1 ggaggattagctcagctgggagagcatctgccttacaagcagagggtcggcggttcgagc--     60

В поле FT участок проаннотирован, как кодирующий tRNA-Thr, но выше он выравнивался с последовательностью tRNA-Val из Bacillus subtilis.