Название | Мнемоника |
Bacillus subtilis | BACSU |
Clostridium tetani | CLOTE |
Enterococcus faecalis | ENTFA |
Finegoldia magna | FINM2 |
Lactobacillus acidophilus | LACAC |
Lactococcus lactis | LACLM |
Listeria monocytogenes | LISMO |
Staphylococcus aureus | STAA1 |
Выбранный белок - IF2. Выравниваю программой muscle.
Программа выдала одно дерево.
Скобочная формула:
(((BACSU,(STAA1,CLOTE)),(LISMO,(ENTFA,(LACLM,LACAC)))),FINM2);
Изображение:
В правильном дереве CLOTE и FINM составляют кладу. fprotpars помещает CLOTE рядом с представителями отряда Bacillales, а LISMO рядом с представителями отряда Lactobacillales. В одной кладе, как и на правильном дереве оказались только Lactobacillales. Реконструкция дерева не очень хорошая.
FINM2 LACAC CLOTE LACLM ENTFA BACSU LISMO STAA1 FINM2 0.000000 0.935808 0.656026 0.982581 0.877902 0.718460 0.793737 0.723231 LACAC 0.935808 0.000000 0.867984 0.876767 0.672759 0.711451 0.748716 0.728854 CLOTE 0.656026 0.867984 0.000000 0.846511 0.738504 0.650974 0.682834 0.652525 LACLM 0.982581 0.876767 0.846511 0.000000 0.566235 0.701363 0.662440 0.653701 ENTFA 0.877902 0.672759 0.738504 0.566235 0.000000 0.563546 0.513440 0.522920 BACSU 0.718460 0.711451 0.650974 0.701363 0.563546 0.000000 0.416163 0.414624 LISMO 0.793737 0.748716 0.682834 0.662440 0.513440 0.416163 0.000000 0.393263 STAA1 0.723231 0.728854 0.652525 0.653701 0.522920 0.414624 0.393263 0.000000
Расстояние между LACAC и FINM2 - 0.935808. Между CLOTE и FINM2 - 0.656026. Между CLOTE и LACAC - 0.867984. d(LACAC, FINM2) > d(CLOTE, FINM2). Если бы пространство было ультраметрическим, то d(FINM2, LACAC)=d(CLOTE, LACAC). Но в данном случае расстояния отклоняются от ультраметричности на 0.67824.
1) d(FINM2,CLOTE) + d(LACAC,ENTFA) = 1.328785;
2) d(CLOTE,ENTFA) + d(FINM2,LACAC) = 1.674312;
3) d(CLOTE,LACAC) + d(FINM2,ENTFA) = 1.745886;
Если предположить, что должны быть равны суммы 2) и 3), то отклонение от аддитивности - 0.071574.
Neighbor-Joining
UPGMA
Дерево, построенное по алгоритму NJ будет похоже на правильное, если его укоренить так, чтобы CLOTE и FINM2 составляли одну кладу. Единственное отличие от "правильного": наличие ветви (LISMO, STAA1), тогда как в "правильносм" ветвь (LISMO.BACSU).
Дерево, построенное по алгоритму UPGMA имеет одну общую ветку с правильным деревом (FINM2, CLOTE). А представители класса Bacillales как бы происходят из класса Lactobacillales. Так происходит, вероятно, потому что UPGMA учитывает гипотезу молекулярных часов. А получается, что расстояние от ENTFA до BACSU почти такое же, как расстояние от ENTFA до (LISMO, STAA1), и эти расстояние больше, чем от BACSU до (ENTFA, LISMO). То есть, выполняется "ультраметричность".
Деревья, построенные программой fneighbor не имеют общих ветвей с деревьями, построенными с помощью fprotpars.