Укоренение дерева в среднюю точку
Укоренение произошло в ветвь {CLOTE, FINM2} vs {LACAC, ENTFA, LACLM, STAA1, LISMO, BACSU}. Это укоренение можно считать правильным, так как оно совпадает с корнем "правильного" дерева.
Укоренение с помощью внешней группы
Укоренение произошло в ветвь {LACLM} vs {LACAC, ENTFA, STAA1, LISMO, BACSU, CLOTE, FINM2}. Теперь у этого дерева нет общих ветвей с "правильным" деревом. Укоренение нельзя считать правильным.
Бутстрэп
+-------------------------------FINM2
|
| +-------LACLM
+--98.0-| +-100.0-|
| | +-100.0-| +-------LACAC
| | | |
+--82.5-| +-100.0-| +---------------ENTFA
| | |
| | +-----------------------LISMO
+-------| |
| | +---------------------------------------BACSU
| |
| +-----------------------------------------------CLOTE
|
+-------------------------------------------------------STAA1
Реконструкция дерева не улучшилась, но изменилась. Неизменной осталась нетривиальная ветвь {LACLM,LACAC,ENTFA,LISMO} vs {FINM2,BACSU,CLOTE,STAA1}. Причем эта ветвь появилась в 100% случаев. Сама по себе она является неправильной. Остальные изменения не приблизили дерево к "правильному".
"Неправильные" ветви появлялись с большой вероятностью, что говорит о недостаточности программы fprotpars.
Среди невключенных веток есть правильная {CLOTE, FINM2}, которая присутствует в 2% деревьев.
"Максимальная экономия" - плохой метод.