Реконструкция дерева по рРНК

Все последовательности рРНК, кроме последовательности LISMO, были найдены по описанию в поле FT в описании полного генома, который был найден по ссылке с белков IF2 соответствующих организмов. Полный геном LISMO, на который ссылался белок IF2_LISMO не содержал описаний рРНК. Я запустила blastn с последовательностью рРНК BACSU, указав нужный вид организма (Lysteria monocytogenes). Аналогичная последовательность была найдена в полном геноме LISMO в записи с AC CP002001. Были высокие показатели coverage, score, e-value. Поэтому я взяла этот фрагмент.

Для построения дерева я воспользовалась программой fneighbor, потому что это популярная и быстрая программа, которая строит достаточно правдоподобные деревья. Результат:

У этого дерева с правильным есть общие ветви: {BACSU, LISMO, STAA1} vs {...}, {CLOTE, FINM2} vs{...}. Это неплохой результат. Но качество реконструкции хуже, чем по белкам.

Ортологи и паралоги

Я воспользовалась программой BLAST на сайте NCBI. Чтобы найти ортологи CLPX_BACSU я искала по белкам других бактерий и выбирала белки с мнемоникой CLPX. Чтобы найти паралоги, я искала похожие последовательности в одном организме, используя в качестве запроса последовательность CLPX соответствующего организма. И построила дерево, используя fneighbor.

Ортологами, например, являются: CLPX_BACSU и CLPX_LISMO, CLPX_FINM2 и CLPX_LACLM, CLPX_CLOTE и CLPX_ENTFA. Паралогами являются: RUVB_LACAC и CLPX_LACAC, MECB_CLOTE и CLPX_CLOTE, HSIU_BACSU и CLPX_BACSU.