1. Описание функции белка COTA_BACSU в соответствии с GO-аннотацией

  Онтология GO (название словаря) Количество разных ассоциированных терминов GO Функция белка
(краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO
Где? С - -
Зачем, для чего? P 2 Участвует в процессе споруляции клетки, при котором клетка переходит в особую форму существования, позволяющую ей распространяться и переживать неблагоприятные условия.
Участвует в процесее оксидации-редукции, при котором добовляется/отнимается электрон на субстрат/от субстрата.
Молекулярный механизм? F 2 Катализирует окислительно-восстановительные реакции.
Специфичность? F 1 Селективно и нековалентно взаимодействует с ионами меди.

2. Описание терминов GO

GO ID выбранного термина Список синонимов Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи Граф родительских терминов
GO:0030435 Точный: cellular spore formation by sporulation
Точный: spore biosynthesis
Точный: spore differentiation
Точный: spore formation
 part_of (inferred) GO:0008150
part_of (inferred) GO:0032502
part_of (inferred) GO:0048856
is_a (inferred) GO:0009987
part_of (inferred) GO:0009653
is_a (inferred) GO:0048869
is_a GO:0048646
is_a GO:0030154
is_a GO:0043934
GO:0043936 is_a
GO:0042174 negatively_regulates
GO:0045881 positively_regulates
GO:0042173 regulates
GO:0043935 is_a
GO:0070590 part_of
GO:0005507 Точный: copper binding
Широкий: copper/cadmium binding
 is_a (inferred) GO:0003674
is_a (inferred) GO:0005488
is_a (inferred) GO:0043167
is_a (inferred) GO:0043169
is_a (inferred) GO:0046872
is_a GO:0046914
 GO:0016531 is_a
GO:0097077 is_a
GO:0016491 Точный: Окислительно-восстановительная активность
Широкий: Окислительно-восстановительная активность, воздействует на субстрат
 is_a (inferred) GO:0003674
is_a GO:0003824
 GO:0018699  is_a 
GO:0050697  is_a 
GO:0018702  is_a 
GO:0034949  is_a 
GO:0018705  is_a 
GO:0034546  is_a 
GO:0018703  is_a 
GO:0018701  is_a 
GO:0018700  is_a 
GO:0019168  is_a 
GO:0008682  is_a 
GO:0034539  is_a 
GO:0034554  is_a 
GO:0034555  is_a 
GO:0051744  is_a 
GO:0034540  is_a 
GO:0043365  is_a 
GO:0003826  is_a 
GO:0030611  is_a 
GO:0047143  is_a 
GO:0034567  is_a 
GO:0043880  is_a 
GO:0043871  is_a 
GO:0001512  is_a 
GO:0004154  is_a 
GO:0034550  is_a 
GO:0051213  is_a 
GO:0052693  is_a 
GO:0080132  is_a 
GO:0045550  is_a 
GO:0015002  is_a 
GO:0042380  is_a 
GO:0043883  is_a 
GO:0004497  is_a 
GO:0008748  is_a 
GO:0015039  is_a 
GO:0043914  is_a 
GO:0050781  is_a 
GO:0035516  is_a 
GO:0035515  is_a 
GO:0016675  is_a 
GO:0016667  is_a 
GO:0016725  is_a 
GO:0016614  is_a 
GO:0016679  is_a 
GO:0052583  is_a 
GO:0016695  is_a 
GO:0016730  is_a 
GO:0016651  is_a 
GO:0016661  is_a 
GO:0016705  is_a 
GO:0016684  is_a 
GO:0030613  is_a 
GO:0016737  is_a 
GO:0016701  is_a 
GO:0016721  is_a 
GO:0016903  is_a 
GO:0016627  is_a 
GO:0016645  is_a 
GO:0016638  is_a 
GO:0046992  is_a 
GO:0016722  is_a 
GO:0010242  is_a 
GO:0034937  is_a 
GO:0015048  is_a 
GO:0018706  is_a 
GO:0043738  is_a 
GO:0052765  is_a 
GO:0052755  is_a 
GO:0033797  is_a 
GO:0000170  is_a 
GO:0016229  is_a 
GO:0043826  is_a 
GO:0033796  is_a 
GO:0050629  is_a 
GO:0019174  is_a 
GO:0004800  is_a 
GO:0033798  is_a 
GO:0034542  is_a 
GO:0045301  is_a 
GO:0004836  is_a 
GO:0052614  is_a 
GO:0018698  is_a 
GO:0046422  is_a 
GO:0070576  is_a 
GO:0070643  is_a 

Описание протеома бактерии Listeria ivanovii (subsp. ivanovii PAM 55) терминами GO

Число белков протеома: 2650
Число белков, которым хотя бы один термин GO приписан: 1886 (71%)
Частота встречаемости терминов:

Несколько самых часто встречающихся терминов из каждого словаря:
P: GO:0006351 (transcription, DNA-dependent), GO:0009401(phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system), GO:0006355 (regulation of transcription, DNA-dependent).
F: GO:0005524 (ATP binding), GO:0003677 (DNA binding), GO:0003700 (sequence-specific DNA binding transcription factor activity).
C: GO:0016021 (integral to membrane), GO:0005737 (cytoplasm), GO:0005886 (plasma membrane).
Чаще всего встречаются термины из словаря функций. Наиболее распространенные процессы, в которых участвуют белки - это транскрипция и регуляция транскрипции, а также транспорт фосфатной группы. Соответственно такому набору функций самыми распространенными функциями белков, являются: связывание АТФ, связывание ДНК и специфическое связывание ДНК. Действительно, эти процессы являются самыми важными для клетки.
Чаще всего по местоположению встречаются интегральные, мембранные и цитоплазматические белки.

Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией

NCBI_7737
Ранг: Род
Русское название: Ланцетник
Английское название: Lancelet
Латинское название: Branchiostoma или Amphioxus
Функция: Связывание АТФ
По-английски:ATP binding
GO:0005524: ATP binding
Словарь: F

При вводе NCBI_TaxID ничего не находило. Пришлось использовать поле Taxonomy. Запрос к SRS: 

(([uniprot-Taxonomy:Branchiostoma*] &  ([uniprot-DbName:GO*] >  parent )) &  ([uniprot-DBxref:GO:0005524*] >  parent ))

Количество находок - 1374
Последовательности.