| PDB код | Тип
(спираль, баррель) |
Число цепей,
образующих одну ТМ единицу (баррель или набор спиралей) |
Число трансмембранных участков в ТМ единице | Число остатков в одном трансмембранном участке
(типичное, минимальное, максимальное) |
Толщина мембраны в ангстремах | Наклон спиралей/тяжей к нормали | Какая мембрана, организм, "код транспортера", функция белка |
| 4a2n | Спираль | 1 | 5 | 18, 16, 22 | 30.6 ± 1.2 A | 10 ± 2° | Клеточная мембрана, Methanosarcina acetivorans |
| 4a01 | Спираль | 2 | 32 | 18, 16, 21 | 32.0 ± 0.8 A | 0 ± 0° | Мембрана вакуоли, Vigna radiata |
| 2a9h | Спираль | 5 | 8 | 25, 24, 28 | 31.8 ± 1.4 A | 0 ± 1° | Цитоплазматическая мембрана бактерии Streptomyces lividans |
| 1by3 | Баррель | 1 | 22 | 8, 7, 9 | 24.7 ± 1.0 A | 5 ± 1° | Цитоплазматическая мембрана бактерии Escherichia coli |
| 3fid | Баррель | 1 | 12 | 9, 8, 11 | 25.6 ± 2.0 A | 24 ± 0° | Внешняя мембрана бактерии Salmonella enterica |
| 1af6 | Баррель | 3 | 54 | 10, 7, 12 | 25.1 ± 0.7 A | 0 ± 0° | Внешняя мембрана бактерии Escherichia coli |
Спиральные трансмембранные белки располагаются в более толстых мембранах, около 31 А. Барелли в мембранах около 25 А.
Трансмембранные участки у спиралей длинные, 18-28 а.о. У баррелей короткие трансмембранные участки 7-11 а.о.
# Sequence Length: 1050 # Sequence Number of predicted TMHs: 11 # Sequence Exp number of AAs in TMHs: 253.16454 # Sequence Exp number, first 60 AAs: 21.96993 # Sequence Total prob of N-in: 0.40313 # Sequence POSSIBLE N-term signal sequence Sequence TMHMM2.0 outside 1 9 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 10 32 Sequence TMHMM2.0 inside 33 336 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 337 359 Sequence TMHMM2.0 outside 360 368 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 369 391 Sequence TMHMM2.0 inside 392 437 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 438 460 Sequence TMHMM2.0 outside 461 469 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 470 492 Sequence TMHMM2.0 inside 493 538 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 539 556 Sequence TMHMM2.0 outside 557 867 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 868 890 Sequence TMHMM2.0 inside 891 896 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 897 919 Sequence TMHMM2.0 outside 920 923 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 924 946 Sequence TMHMM2.0 inside 947 971 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 972 994 Sequence TMHMM2.0 outside 995 1003 Sequence TMHMM2.0 TMhelix 1004 1026 Sequence TMHMM2.0 inside 1027 1050
В целом, предсказания по UniProt и 3D-гомологу похожи. TMHMM не предсказал одну спираль в области 398-409 и поэтому дальнейшая разметка внутренних и внешних участков сбивается.
У белка 12 трансмембранных сегментов. Внутриклеточные и внеклеточные участки чередуются.