Классификация функций. Ферменты

Расшифровка кода фермента EC 5.3.1.1

EC 5 — изомеразы (isomerases)

EC 5.3 — интрамолекулярные оксидоредуктазы (Intramolecular Oxidoreductases)

EC 5.3 — взаимное превращение Альдоз и Кетоз (Interconverting Aldoses and Ketoses)

EC 5.3.1.1 — триоз-фосфат изомераза (triose-phosphate isomerase)

IUPAC был организован в 1919

Международная комиссия по номенклатуре ферментов была организована в 1955

Последние изменения/уточнения в номенклатуре ферментов были утверждены в 2006

Использование средств специализированного ресурса Brenda для характеристики фермента с EC 5.3.1.1

=

Общее число ферментов с таким кодом — 413

Примеры ингибиторов фермента:

2,4-Dinitrofluorobenzene 5,5'-Dithiobis(2-nitrobenzoate)

Примеры активаторов фермента:
Sulfhydryl reagents thioglycolate

pH оптимум Min : 6,5-8,4 средн 7,5

pH оптимум Max : 7,5-11 средн 8.9

Болезни человека, так или иначе связанные с данным ферментом:
Анемия, Гемофилия, нехватка тирозин-фосфат изомеразы

Для Фермента более характерна структура димера с молекулярной массой около 2x27000 (найдено 12 ферментов). Встречаются также мономеры (найдено 4 фермента) и тетрамеры (найдено 5 ферментов).
Найдена одна модификация

Сравнение ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов

С помощью SRS в SWISS-Prot были найдены ферменты с кодом EC 5.3.1.1 из кишечной палочки Escherichia coli K-12, археи Methanococcus jannaschii и человека.
Запрос был такой :
Query "([swissprot-ECNumber:5.3.1.1*] & (([swissprot-EntryName:*_Ecoli*] | [swissprot-EntryName:*_Human*]) | [swissprot-EntryName:*_Metja*])) "
Были найдены 9 белков, в том числе три с одинаковыми именами из нужных организмов.
У каждого белка оказалось по одному домену Pfam:


TPIS_ECOLI — PF00121 (4-246)
TPIS_HUMAN — PF00121 (6-244)
TPIS_METJA — PF00121 (1-212)
Как видно положение доменов в последовательностях практически совпадает.

Последовательности были получены с помощью команды seqret:
seqret sw:P0A858 -sask
seqret sw:P60174 -sask
seqret sw:Q58923 -sask

Попарная идентичность была определена с помощью программы needle
needle tpis_ecoli_domain.fasta tpis_human_domain.fasta -auto
needle tpis_ecoli_domain.fasta tpis_metja_domain.fasta -auto
needle tpis_human_domain.fasta tpis_metja_domain.fasta -auto


Выравнивания: 

#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: TPIS_ECOLI
# 2: TPIS_HUMAN
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 245
# Identity:     111/245 (45.3%)
# Similarity:   145/245 (59.2%)
# Gaps:           8/245 ( 3.3%)
# Score: 481.0
# 
#
#=======================================

TPIS_ECOLI         1 PLVMGNWKLNGSRHMVHELVSNLRKELAGV-AGCAVAIAPPEMYIDMAKR     49
                     ..|.||||:||.:..:.||:..|  ..|.| |...|..|||..|||.|::
TPIS_HUMAN         1 FFVGGNWKMNGRKQSLGELIGTL--NAAKVPADTEVVCAPPTAYIDFARQ     48

TPIS_ECOLI        50 EAEGSHIMLGAQNVDLNLSGAFTGETSAAMLKDIGAQYIIIGHSERRTYH     99
                     :.: ..|.:.|||.....:||||||.|..|:||.||.::::||||||...
TPIS_HUMAN        49 KLD-PKIAVAAQNCYKVTNGAFTGEISPGMIKDCGATWVVLGHSERRHVF     97

TPIS_ECOLI       100 KESDELIAKKFAVLKEQGLTPVLCIGETEAENEAGKTEEVCARQIDAVLK    149
                     .||||||.:|.|....:||..:.||||...|.|||.||:|...|...:  
TPIS_HUMAN        98 GESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKVI--    145

TPIS_ECOLI       150 TQGAAAFEGAVIAYEPVWAIGTGKSATPAQAQAVHKFIRDHI-AKVDANI    198
                     ......:...|:||||||||||||:|||.|||.||:.:|..: :.|...:
TPIS_HUMAN       146 ADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKSNVSDAV    195

TPIS_ECOLI       199 AEQVIIQYGGSVNASNAAELFAQPDIDGALVGGASLKADAFAVIV    243
                     |:...|.|||||..:...||.:|||:||.||||||||.:...:| 
TPIS_HUMAN       196 AQSTRIIYGGSVTGATCKELASQPDVDGFLVGGASLKPEFVDII-    239


#---------------------------------------
#---------------------------------------



#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: TPIS_ECOLI
# 2: TPIS_METJA
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 271
# Identity:      61/271 (22.5%)
# Similarity:    96/271 (35.4%)
# Gaps:          87/271 (32.1%)
# Score: 143.5
# 
#
#=======================================

TPIS_ECOLI         1 PLVMGNWKLNGSRHMVHELVSNLRKELAGVA-------GCAVAIAPPEMY     43
                     .|::.|:|      ..:|.:.|...|:|.:|       |..:.:||  .:
TPIS_METJA         1 MLIVINYK------TYNESIGNRGLEIAKIAEKVSEESGITIGVAP--QF     42

TPIS_ECOLI        44 IDMAKREAEGSHIMLGAQNVDLNLSGAFTGETSAAMLKDIGAQYIIIGHS     93
                     :|: :...|..:|.:.||::|....|:.||...|..:||.|.:..:|.||
TPIS_METJA        43 VDL-RMIVENVNIPVYAQHIDNINPGSHTGHILAEAIKDCGCKGTLINHS     91

TPIS_ECOLI        94 ERRTYHKESDELIAKKFAVLKEQGLTPVLCIGETEAENEAGKTEEVCARQ    143
                     |:|....:.:.:|.|    .|..||..:                 ||...
TPIS_METJA        92 EKRMLLADIEAVINK----CKNLGLETI-----------------VCTNN    120

TPIS_ECOLI       144 IDAVLKTQGAAAFEGAVIAYEPVWAIGTGKSATPAQAQAVHKFIR-----    188
                     |:.   ::..||.....||.||...||||...:.|..:.|...:|     
TPIS_METJA       121 INT---SKAVAALSPDYIAVEPPELIGTGIPVSKANPEVVEGTVRAVKEI    167

TPIS_ECOLI       189 ----------------DHIAKVDANIAEQVIIQYGGSVNASNAAELFAQP    222
                                     |..|.:|.. ||.|::. .|.|.|.|..|..   
TPIS_METJA       168 NKDVKVLCGAGISKGEDVKAALDLG-AEGVLLA-SGVVKAKNVEEAI---    212

TPIS_ECOLI       223 DIDGALVGGASLKADAFAVIV    243
                                          
TPIS_METJA       213 ---------------------    212


#---------------------------------------
#---------------------------------------



#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: TPIS_HUMAN
# 2: TPIS_METJA
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 246
# Identity:      50/246 (20.3%)
# Similarity:    90/246 (36.6%)
# Gaps:          41/246 (16.7%)
# Score: 118.0
# 
#
#=======================================

TPIS_HUMAN         1 FFVGGNWKMNGRKQSLGELIGTLN------AAKVPADTEVVCAPPTAYID     44
                     ..:..|:|      :..|.||...      |.||..::.:.......::|
TPIS_METJA         1 MLIVINYK------TYNESIGNRGLEIAKIAEKVSEESGITIGVAPQFVD     44

TPIS_HUMAN        45 FARQKLDPKIAVAAQNCYKVTNGAFTGEISPGMIKDCGATWVVLGHSERR     94
                     ......:..|.|.||:...:..|:.||.|....|||||....::.|||:|
TPIS_METJA        45 LRMIVENVNIPVYAQHIDNINPGSHTGHILAEAIKDCGCKGTLINHSEKR     94

TPIS_HUMAN        95 HVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKV    144
                     .:..:.:.:|.:    ....||..|.|...              ...:|.
TPIS_METJA        95 MLLADIEAVINK----CKNLGLETIVCTNN--------------INTSKA    126

TPIS_HUMAN       145 IADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKSNVSDA    194
                     :|....|:    :|.||...||||...:....:.|...:|...:.|    
TPIS_METJA       127 VAALSPDY----IAVEPPELIGTGIPVSKANPEVVEGTVRAVKEIN----    168

TPIS_HUMAN       195 VAQSTRIIYGGSVTGATCKELASQPDVDGFLVGGASLKPEFVDII-    239
                       :..:::.|..::.....:.|.....:|.|:....:|.:.|:.. 
TPIS_METJA       169 --KDVKVLCGAGISKGEDVKAALDLGAEGVLLASGVVKAKNVEEAI    212


#---------------------------------------
#---------------------------------------

Идентичность последовательностей не большая, однако домены находятся на тех же местах в последовательности, что позволяет с делать вывод об их сходной функции, и также большей консервативности трехмерной структуры.

В ENZYME можно найти название фермента, реакцию, которую он катализирует, ссылки на базы данных.

На главную страницу четвертого семестра

©Сухорукова Мария 2006