Практикум 7. Нуклеотидные банки данных
ХАРАКТЕРИСТИКИ ГЕНОМНОЙ СБОРКИ ЭУКАРИОТНОГО ОРГАНИЗМА
Для выполнения заданий я выбрала организм Falco naumanni - степную пустельгу (lesser kestrel).
Степная пустельга - мелкая хищная птица семейства соколиных, близкая родственница обыкновенной пустельги (Falco tinnunculus). Это перелётный вид, который гнездится в степях и полупустынях, а зимует в Африке южнее Сахары. У самца голова, надхвостье и хвост серые, спина кирпично-рыжая без пестрин, на конце хвоста широкая чёрная полоса. Самка имеет оперение более тёмное и пёстрое (рис. 1, 2). Это стайная птица, гнездится в скалах, обрывах, камнях, развалинах и постройках. Питается насекомыми и мелкими позвоночными. В полете ловко ловит потоки воздуха и часто "зависает" на месте. Является редким видом, занесена в Красную книгу России.
Через систему поиска на сайте NCBI Datasets по латинскому названию Falco naumanni было найдено 2 сборки генома выбранного организма. Из них была выбрана сборка bFalNau1.pat, так как она имеет аннотированные гены в версии RefSeq, является референсной, а также имеет уровень сборки Chromosome (это означает наличие последовательности для одной или нескольких хромосом). Некоторые характеристики выбранной сборки представлены в таблице 1.
Таблица 1. Некоторые характеристики выбранной сборки bFalNau1.pat организма Falco naumanni. Расшифровка терминов приведена ниже.
| Характеристика | Значение |
|---|---|
| Идентификатор GenBank | GCA_017639655.1 |
| Идентификатор RefSeq | GCF_017639655.2 |
| Уровень сборки генома | Chromosome |
| Общий размер генома | 1.2 Gb |
| Число фрагментов генома в сборке | 27 хромосом 290 скэффолдов 588 контигов |
| N50 для скэффолдов | 91.8 Mb |
| L50 для скэффолдов | 6 |
| N50 для контигов | 13.8 Mb |
| L50 для контигов | 25 |
N50 - длина контига/скэффолда, для которого половина (50%) всех нуклеотидов сборки содержится в контигах такой и большей длины.
L50: Число контигов/скэффолдов (наименьшее), в которых содержится половина (50%) всех нуклеотидов сборки.
Выбранная сборка содержит информацию только о гаплоидном наборе, имеет высокое значение анализа BUSCO (BUSCO analysis (5.7.1), Single_copy 98.1%).
Также для выбранного организма были скачаны нуклеотидные последовательности генома (в формате FASTA), последовательности белков (в формате FASTA), последовательности генома с аннотацией (GBFF).