Занятие 10. Эволюционные домены.
БД Pfam, InterPro.
- Доменная структура Pyrf_BACSU
Доменная структура белка PYRF_BACSU по данным Pfam
Домен Pfam:
 |
Пояснения
|
| № |
Pfam AC |
Pfam ID |
Полное название семейства доменов
|
Положение в последовательности белка XXXX_BACSU |
Клан |
| 1 |
PF00215 |
OMPdecase |
Семейство доменов включает оротидин 5`-фосфат декарбоксилазы,
которые включены в финальный этап
биосинтеза пиримидина. |
4–230 |
Клан TIM_barrel (CL0036),
содержит 54 семейства,
у пяти неизвестна функция
(PFAM ID начинается с DUF) |
- Данные о домене OMPdecase.
- домен входит в 12 архитектур
- Последовательность известна для 3010 белков
- Для 18 белков определена пространственная структура
- Выравнивание "seed" фрагментов белков, соответствующих домену.
- (*) Это выравнивание подтверждает гомологичность доменов у разных организмов, т.к.
в начале, в середине и в конце выравнивания есть явно выраженая гомология (4 столбца черного цвета и в 3-4 раза больше столбцов серого,
также серые столбцы по 1-3 расположены на других участках выравнивания). Вряд ли по случайным причинам совпало бы так много остатков.
- Архитектура с доменами MAPEG и OMPdecase.
Представленность домена PF01124 в организмах разных видов
|
Таксон
|
Количество белков с доменом PF01124
|
| Эукариоты |
Зеленые растения |
28 |
| Грибы |
127 |
| Животные |
234 |
| Остальные эукариоты |
51 |
| Археи |
0 |
| Бактерии |
907 |
| Вирусы |
0 |
Домен PF01124 распространен только у бактеий и эукариот, причем среди эукариот больше всего белков с ним
найдено у животных, тем не менее бактерии имеют больше представителей с этим доменом в белках.
Представленность домена PF00215 в организмах разных видов
|
Таксон
|
Количество белков с доменом PF00215
|
| Эукариоты |
Зеленые растения |
38 |
| Грибы |
212 |
| Животные |
48 |
| Остальные эукариоты |
55 |
| Археи |
183 |
| Бактерии |
2464 |
| Вирусы |
0 |
Домен PF00215 распостранен во всех империях кромер вирусов, причем больше всего белков обнаружено в бактериях.
- Содержание домена PF11975 и PF02056 (так как эти два домена "сцеплены")( из GLVA_BACSU) в белках Bacillus subtilis ( я взял белок GLVA_BACSU
т.к. домен в моем белке
содержится в >2500 последовательностях и tree не показывается).
Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis
| № |
PFAM ID |
Bacillus subtilis subsp. natto BEST195 |
| 1. |
D4G0A8 |
Alpha-D-galactoside galactohydrolase |
| 2 |
D4G680 |
Hydrolytic enzyme |
| 3 |
D4G352 |
6-phospho-beta-glucosidase |
| 4 |
D4G6H9 |
6-phospho-alpha-glucosidase |
С совершенно такой же архитектурой только 1 белок, но если первый домен "зубчато заканчивается" то 1123 белка.
- 3 примера разных доменных перестроек для PF00215
1)
Один прерывный домен, и прерывный домен в паре с другим:
Q0RF82_FRAAA 
B7PGC4_IXOSC 
2)
Домен PF00215 слившийсяс другим, и домен PF00215 расположенный свободно от другого:
B1EHU4_9ESCH 
C0NM58_AJECG 
3)
C- и N-концевое расположение домена:
FAEHP_ARCFU 
A8PTB8_MALGO 
|
