На главную
Назад











Занятие 11. Программа MEME

  1. Поиск мотивов программой MEME

    2. Набор последовательностей:
    sw:PYRF_BACSU
    sw:PYRF_CHRVO
    sw:PYRF_SYNJA
    sw:PYRF_STRT1
    sw:PYRF_LISW6
    sw:PYRF_GEOSL
    sw:PYRF_XANAC
    1)Нашлось 3 мотива (наверное потому, что мы задавали ограничение в 3 мотива),
    2) Все 3 мотива нашлись в семи заданых последовательностях.
    Для Pyrf_BACSU:
    Координаты: 1-й мотив 46-75, 2-й мотив 157-186, 3-й мотив 192-136
    P-value: 1-й мотив 5.01e-30, 2-й мотив 2.00e-28, 3-й мотив 2.19e-39
    Длина и E-value мотива: 1-й 29 и 1.2e-049, 2-й 29 5.1e-048, 3-й 44 1.4e-065

  2. Сравнение блоков (частичных выравниваний), найденных MEME, c полным выравниванием, выданным muscle

    3. MEME и muscle дали одинаковые выравнивания:

    Первый мотив:

    Второй мотив:



    Третий мотив:


    (синим показан гранцы мотива)

  3. Поиск найденных мотивов в других последовательностях


    4. Мотивы, найденые программой МЕМЕ в последовательности домена PF00215.
    1)1й мотив нашелся в 62 из 89, 2й в 34 из 89, 3й в 2 из 89,
    2)Все 3 мотива не нашлось ни в одной из последовательностей.
    3)Hе соответствует, вот пример: там где "+" не стоит соответствия нет,
    значит не соответсвует мотиву. 
                                                   [1]
                                                6.4e-08
                                                IVRYLKERNHRVFLDLKFHDIPNTVNSAM
                                                + +  +  ++++  + +  +++++  + +
1    PKLMLALDVLDRDRALKIVEDVKDYVDAIKVGYPLVLSTGTEIIKEIKKLCNKEVIADFKVADIPATNEKIAKIT