На главную
Назад











Занятие 12. PSI-BLAST

  1.  

    2. ID белка AC белка Число итераций Для первой итерации Для последней итерации
    Число находок выше порога (0,005) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога Число находок выше порога (0,005) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога
    P18196 MINC_ECOLI 3 162 0.005 0.006 189 0.004 0.014
    P0A832 SSRP_ECOLI 1 514 3e-10 5.6 514 5e-31 0.36
    P17265 RP5M_RHIME 3 14 0.001 0.005 25 9e-15 0.14
    P25971 PYRF_BACSU 5 343 0.005 0.006 565 6e-06 0.005

    В первом случае я исключил несколько лишних находок после 2й итерации,
    иначе появлялись последовательности портящие матрицу и, как следствие, постоянно
    вызывающие появление новых последовательностей в последующих итерациях.
    Для 2го потребовалась лишь 1 итерация (значит последовательность весьма специфична)


    Разрыв между значениями E-value у худшей находки, превышающей порог и лучшей
    за порогом во всех случаях увеличивается.

     

  2. Задание 2

    3. При E-value 0.001, поиск для P18196 стабилизировался после 2й итерации,
    т.к. при снижении e-value ужесточаются требования к находкам.