Занятие 7. BLAST

Обязательные задания

Поиск гипотетических гомологов изучаемого белка в разных банках

Таблица 1. Результаты поиска гипотетических гомологов белка Pyrf_BACSU

	Поиск по БД Swiss-Prot	Поиск по БД PDB	Поиск по БД "nr"
1. Лучшая находка
Accession	p25971.1	1DBT A	NP_389438.1
E-value	8e-138	6e-139	2e-136
Вес (в битах)	489	489	489
Процент идентичности	100%	100%	100%
Белки с теми же значениями E-value и веса в битах не найдены
2. Число хороших кандидатов в гомологи (число находок в списке описаний с E-value < 1E-10)	100	5	100
3. "Худшая из хороших" находка (последняя в выдаче с E-value < 1)
Номер находки в списке описаний	100	62	500(9e-40)
Accession	A8FVN0	2EAB A	ZP_06176114.1
E-value	9e-41	0.99	9e-40
Вес (в битах)	166	30	167
% идентичности	45%	29%	51%
% сходства	60%	42%	66%
Длина выравнивания	230	92	235
Координаты выравнивания	3-231 и 2-227	123-211 и 228-319	1-234 и 9-242
Число гэпов	5	3	2

Kомментарии к таблице

• В Swiss-Prot нашелся иммено p25971(именно мой белок) а в "nr" мой белок с другим названием.
  Его структура представлена также в PDB
• 5 гомологов в PDB т.к. это база структур белков ( она сравнительно маленькая по объему)
  более 500 гомологов в "nr", т.к. это БЛАСТ по записям всех банков.(явно что это большое кол-во записей)
  
• Всего более 500 находок, но самый большой E-value у 78 находки по PDB: 10.
  Число находок лимитировано E-value т.к. у последней находки это значение не больше 10-ти.
  

Поиск гипотетических гомологов изучаемого белка с фильтром по таксонам

Гомолог нашелся среди эукариот (Drosophila melanogaster).
Номер находки: 1
Accession: Q01637
E-value: 6e-08
Вес: 56.6
%Идентичности:28
%Сходства:44
Длина выравнивания:191
Координаты выравнивания:51-231 и 309-480
число гэпов:29


Сравнение выравниваний, выданных программой BLASTP, с оптимальными глобальным и локальным выравниваниями.

Выравнивание, полученое программой BLAST



 
  Lenght = 191
  Score = 56.6 bits (135)
  Identities = 54/191 (28%) 
  Positives = 84/191 (44%)
  Gaps = 29/191 (15%)

Query  51   KERNCELFLDLKLHDIPTTVN----KAMKRLASLGVDLVNVHAAGGKKMMQAALEGLEEG  106
            +  N  L  D K  DI  TV+    K + +++S   DLV  H   G+ ++Q    GL EG
Sbjct  309  QRHNFLLMEDRKFADIGNTVSLQYGKGIYKISSW-ADLVTAHTLPGRSILQGLKAGLGEG  367

Query  107  TPAGKKRPSLI-----AVTQLTSTSEQIMKDELLIEKSLIDTVVHYSKQAEESGLDGVVC  161
              AGK+R   +     A   L     +   +++  E + +D V             GVVC
Sbjct  368  -GAGKERGVFLLAEMSASGNLIDAKYKENSNKIATEGADVDFVA------------GVVC  414

Query  162  SVHEAKAIYQAVSPSFLTVTPGIRMSEDAANDQVRVATP-AIAREKGSSAIVVGRSITKA  220
               +A A      P  L +TPG+++ E       +  +P  + +E+G+   VVGR I KA
Sbjct  415  QSSDAFAF-----PGLLQLTPGVKIDEGVDQLGQQYQSPEHVVKERGADIGVVGRGILKA  469

Query  221  EDPVKAYKAVR  231
              P +A +  R
Sbjct  470  SSPKQAAQTYR  480 



Выравнивание, полученое программой water:



 
  Length: 186
  Identity:      54/186 (29.0%)
  Similarity:    85/186 (45.7%)
  Gaps:          19/186 (10.2%)
  Score: 141.0
 

PYRF_BACSU        51 KERNCELFLDLKLHDIPTTVN----KAMKRLASLGVDLVNVHAAGGKKMM     96
                     :..|..|..|.|..||..||:    |.:.:::| ..|||..|...|:.::
PYR5_DROME       309 QRHNFLLMEDRKFADIGNTVSLQYGKGIYKISS-WADLVTAHTLPGRSIL    357

PYRF_BACSU        97 QAALEGLEEGTPAGKKRPSLIAVTQLTSTSEQIMKDELLIEKSLIDTVVH    146
                     |....||.|| .|||:|...:....  |.|..::..:.....:.|.|   
PYR5_DROME       358 QGLKAGLGEG-GAGKERGVFLLAEM--SASGNLIDAKYKENSNKIAT---    401

PYRF_BACSU       147 YSKQAEESGLDGVVCSVHEAKAIYQAVSPSFLTVTPGIRMSEDAANDQVR    196
                       :.|:...:.||||...:|.|.     |..|.:|||:::.|.......:
PYR5_DROME       402 --EGADVDFVAGVVCQSSDAFAF-----PGLLQLTPGVKIDEGVDQLGQQ    444

PYRF_BACSU       197 VATPA-IAREKGSSAIVVGRSITKAEDPVKAYKAVR    231
                     ..:|. :.:|:|:...||||.|.||..|.:|.:..|
PYR5_DROME       445 YQSPEHVVKERGADIGVVGRGILKASSPKQAAQTYR    480 



Выравнивание, полученое программой needle:



  Length: 508
  Identity:      64/508 (12.6%)
  Similarity:   104/508 (20.5%)
  Gaps:         284/508 (55.9%)
  Score: 134.0
  

PYRF_BACSU         0 --------------------------------------------------      0
                                                                       
PYR5_DROME         1 MVAQNSDKMRALALKLFEINAFKFGDFKMKVGINSPVYFDLRVIVSYPDV     50

PYRF_BACSU         0 --------------------------------------------------      0
                                                                       
PYR5_DROME        51 MQTVSDLLVEHIKDKQLSAKHVCGVPYTALPLATIVSVQQGTPMLVRRKE    100

PYRF_BACSU         0 --------------------------------------------------      0
                                                                       
PYR5_DROME       101 AKAYGTKKLVEGIFNAGDTCLIVEDVVTSGSSILDTVRDLQGEGIVVTDA    150

PYRF_BACSU         0 --------------------------------------------------      0
                                                                       
PYR5_DROME       151 VVVVDREQGGVANIAKHGVRMHSLFTLSFLLNTLHEAGRIEKSTVEAVAK    200

PYRF_BACSU         0 --------------------------------------------------      0
                                                                       
PYR5_DROME       201 YIAAVQINSDGTFVGGDKGDVVRANDLQRTKLTYENRANLAKSAVAKRLF    250

PYRF_BACSU         1 -----MKNNLPIIALDFASAEETLAFLAPFQQEPLFVKVGMELFYQEGPS     45
                          .:.|| .:|.|...|:|.|............:|..:::.......
PYR5_DROME       251 NLIASKQTNL-CLAADLTHADEILDVADKCGPYICLLKTHVDIVEDFSDK    299

PYRF_BACSU        46 IVKQL----KERNCELFLDLKLHDIPTTVN----KAMKRLASLGVDLVNV     87
                     .:..|    :..|..|..|.|..||..||:    |.:.:::| ..|||..
PYR5_DROME       300 FIADLQALAQRHNFLLMEDRKFADIGNTVSLQYGKGIYKISS-WADLVTA    348

PYRF_BACSU        88 HAAGGKKMMQAALEGLEEGTPAGKKRPSLIAVTQLTSTSEQIMKDELLIE    137
                     |...|:.::|....||.|| .|||:|...:....  |.|..::..:....
PYR5_DROME       349 HTLPGRSILQGLKAGLGEG-GAGKERGVFLLAEM--SASGNLIDAKYKEN    395

PYRF_BACSU       138 KSLIDTVVHYSKQAEESGLDGVVCSVHEAKAIYQAVSPSFLTVTPGIRMS    187
                     .:.|.|     :.|:...:.||||...:|.|.     |..|.:|||:::.
PYR5_DROME       396 SNKIAT-----EGADVDFVAGVVCQSSDAFAF-----PGLLQLTPGVKID    435

PYRF_BACSU       188 EDAANDQVRVATPA-IAREKGSSAIVVGRSITKAEDPVKAYKAVRLE-WE    235
                     |.......:..:|. :.:|:|:...||||.|.||..|.:|.:..|.. |.
PYR5_DROME       436 EGVDQLGQQYQSPEHVVKERGADIGVVGRGILKASSPKQAAQTYRDRLWA    485

PYRF_BACSU       236 GIKS----    239
                     ..:.    
PYR5_DROME       486 AYQDRVAK    493



Длины выравниваний Water`ом и BLAST`ом почти одинаковы (186 и 191 соотв.), а для needle 508.
идентичность и сходство water и BLAST различаются на 1%, число гэпов - на 5% (10 и 15 соотв.)
135 score для Blast, 141 для water и 134 для needle
1.В целом, выравнивание water очень похоже на BLAST, но в BLAST в позиции 18-22 для pyrf_BACSU есть 5 гэпов
,а в water нет (там буквы). с 399 по 411 в белке дрозофилы в Blast стоят гэпы, а в water нет.
Таким образом, из-за большего числа гэпов Blast после 417-422 (5 гэпов в water и blast) буквы снова идут
в соответствии друг другу. 2. До 255 буквы в Blast в needle стоят гэпы, после, до 51, соответствия мало, после 51
needle похож на water (меньше гэпов чем в blast) .
Вообще pyr5_drome мало похож на pyrf_bacsu, но, например на участке 158-161 и 411-414 одинаковы "GVVC"
или, на участке 212-220 и 461-469 "VVGR*I*KA", где "*" это 1 пара разных букв. Еще есть места где выравнивания
просто похожи: 183-190 и 436-343 "+TPG+++"