Занятие 8. Множественное выравнивание последовательностей.

Muscle и GeneDoc


1. Изображено множественное выравнивание малых дельта-антигенов. Получено с помощью программы Muscle
   и импортировано в GeneDoc. Черный цвет означает что АК из одной группы или одинаковы, темно-серый
   означает что почти все одинаковы, но есть буквы из других групп, светло-серый означает что
   на этом месте у большей части одинаковые буквы, но у некоторых есть и другие из разных групп.
   (видимо, больше 4х разных это светло-серый, меньше - это темно серый)
   Звездочки обозначают десятки, большие буквы - колонку из одинаковых букв, маленькие - из
   большинства одинаковых и нескольких букв другой группы, цифры - из большинства одинаковых и нескольких
   букв той же группы.

Выравнивание набора гомологов pyrf_BACSU

               
                       sw:PYRF_BACSU(Firmicutes; Bacilli)
                       sw:PYRF_CHRVO(Proteobacteria; Betaproteobacteria)
                       sw:PYRF_SYNJA(Cyanobacteria)
       Набор:          sw:PYRF_STRT1(Firmicutes; Lactobacillales)
                       sw:PYRF_LISW6(Firmicutes; Bacillales)
                       sw:PYRF_GEOSL(Proteobacteria; Deltaproteobacteria)
                       sw:PYRF_XANAC(Proteobacteria; Gammaproteobacteria)





В