На главную
Назад












Занятие 9. Паттерны и банк ProSite.

Упражнение 1.Создание паттернов аминокислотных последовательностей




Границы обозначены 68 и 83 остатки выравнивания, выделенные красным.
Выделено с помощью Manual Shade Mode.

Паттерны различной силы


Характеристика паттерна Паттерн В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
Фрагмент последовательности ELFLDLKLHDIPTTVN 1 найден лишь мой белок
Сильный [RESAQ]-[VLI]-F-[LV]-D-[ML]-K-[FL]-[HF]-D-I-P-[NHTA]-T-V-[AKNG] 72 ВСЕ
Слабый X-[MLVI]-F-[MLVI]-D-[MLVI]-K-{GA}-[HF]-D-I-P-X-T-V-X(1,2) 210 ВСЕ



Все найденые мотивы принадлежат 1 ферменту в разных организмах.

Упражнение 2.Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке PYRF_BACSU

Идентификатор документа PROSITE (AC) Название мотива Краткое описание мотива Тип подписи (паттерн, профиль) Паттерн (регулярное выражение) Специфична ли подпись? Сколько мотивов нашлось в белке?
Например,
PS00156 OMPDECASE Активный центр фермента паттерн [LIVMFTAR]-[LIVMF]-x-D-x-K-x(2)-D-[IV]-[ADGP]-x-T-[CLIVMNTA] специфична 1
PS00006 CK2_PHOSPHO_SITE Casein kinase II phosphorylation site -"- [ST]-x(2)-[DE] неспецифична 6
PS00007 TYR_PHOSPHO_SITE Tyrosine kinase phosphorylation site -"- [RK]-x(2)-[DE]-x(3)-Yor[RK]-x(3)-[DE]-x(2)-Y неспецифична 1
PS00008 MYRISTYL N-myristoylation site -"- G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P} неспецифична 4
PS00004 CAMP_PHOSPHO_SITE cAMP- and cGMP-dependent protein kinase phosphorylation site -"- [RK](2)-x-[ST] неспецифична 1
PS000094 AMIDATION Amidation site -"- x-G-[RK]-[RK] неспецифична 2