Поисковые системы

Занятие 3. Поисковые системы

  1. Нашел белок в банке SwissProt, пользуясь тремя поисковыми системами

    • MRS
    • SRS
    • UniProt

      В UYniProt больше изображений и от этого информацию легче воспринимать,
      в SRS тоже все понятно и наглядно, MRS более "суровый", в нем все распределено
      по частам, это упрощает работу профессионалам, но для новичков тяжеловато.
      Но в целом вся информация, представленная на трех разных сайтах, одинаково информативна

    • Задание 2

        • bacillaceae(семейство)
        • bacillales(порядок)
        • bacillariaceae(семейство)
        • bacillariales(порядок)
        • bacillariophyceae(семейство)
        • bacillariophycidae(класс)
        • bacillariophyta(отдел)
        • bacillus(род)
      2. Записей, описывающих белки из рода Bacillus, в банке SwissProt 23013
      3. Записей, описывающих белки из отдела Firmicutes, в банке SwissProt 67277

    Задание 3

    Формулировка описания белкаСтрока запросаКоличество найденных документов
    GTP-binding protein obg([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & (([swissprot-Description:GTP-binding*] & [swissprot-Description:protein*]) & [swissprot-Description:obg*]))146
    Metal-dependent hydrolase([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] > ([swissprot-CommentType: function] & (([swissprot-Comment:metal-dependent*] & [swissprot-Comment:hydrolase*]) | [swissprot-Comment:metal-dependent hydrolase*]))) 206
    Magnesium([swissprot-Description:Magnesium] & [swissprot-Taxonomy:Firmicutes])3

  2. Задание 4

    Последовательности белков 3го запроса в fasta-формате.

    Задание 5


    А.А. Нейфах занимался белком multidrug efflux transporter.
    файл Exel

    6*)Поиск с помощью команды grep

    Получилось 20 записей

    Commands:
    1)cd /P/y10/Term_2/Block1/Practice3/
    2)grep 'RN   .1[0-5].' bacsu.gbk|grep 10|wc -l

    или

    1)cd /P/y10/Term_2/Block1/Practice3/
    2)grep '^RN' bacsu.gbk|grep 1[0-5]|grep 10|wc -l


На главную Назад