"Исследование структуры тРНК"
- Краткое описание структуры в файле 1EHZ.pdb
В файле приведены координаты атомов синтетической фенилаланиловой тРНК (Taxonomy ID: 32630) с одной лишь цепью А.
.
Для исследования была выбрана цепь A со следующей последовательностью:
Последовательность: [1] 5'-GCGGAUUUA 2MG CUCAG H2U UGGGAGAGC M2G CCAGA OMC U OMG AA YYG A PSU 5MC UGGAG 7MG UC 5MC UGUG 5MU PSU CG 1MA UCCACAGAAUUCGCACCA-3` [76]
На 3'-конце имеется триплет CCA, к которому присоединяется аминокислота. Для всех атомов в последовательности определены координаты. - Исследование вторичной структуры
С помощью программы find_pair пакета 3DNA были определены возможные водородные связи
между азотистыми основаниями (выходной файл) (команда find_pair -t rna.pdb stdout | analyze ) В соответствии с полученными данными
акцепторный стебель состоит из участка 1-7 и комплементарного ему участка 66-72:
(0.008) A:...1_:[..G]G-----C[..C]:..72_:A (0.006) (0.006) A:...2_:[..C]C-----G[..G]:..71_:A (0.013) (0.021) A:...3_:[..G]G-----C[..C]:..70_:A (0.018) (0.018) A:...4_:[..G]G-*---U[..U]:..69_:A (0.015) (0.018) A:...5_:[..A]A-----U[..U]:..68_:A (0.011) (0.011) A:...6_:[..U]U-----A[..A]:..67_:A (0.020) (0.008) A:...7_:[..U]Ux----A[..A]:..66_:A (0.016)Т-стебель состоит из участка 49-53 и комплементарного ему участка 61-65:
(0.020) A:..49_:[5MC]c-----G[..G]:..65_:A (0.017) (0.024) A:..50_:[..U]U-----A[..A]:..64_:A (0.014) (0.030) A:..51_:[..G]G-----C[..C]:..63_:A (0.016) (0.020) A:..52_:[..U]U-----A[..A]:..62_:A (0.016) (0.027) A:..53_:[..G]G----xC[..C]:..61_:A (0.012)D-стебель состоит из участка 10-13 и комплементарного ему участка 25-22:
(0.018) A:..10_:[2MG]g-----C[..C]:..25_:A (0.011) (0.005) A:..11_:[..C]C-----G[..G]:..24_:A (0.013) (0.012) A:..12_:[..U]U-----A[..A]:..23_:A (0.030) (0.013) A:..13_:[..C]C----xG[..G]:..22_:A (0.017)антикодоновый стебель состоит из участка 39-44 и комплементарного ему участка 26-31:
(0.004) A:..39_:[PSU]P-*---A[..A]:..31_:A (0.007) (0.005) A:..40_:[5MC]c-----G[..G]:..30_:A (0.013) (0.013) A:..41_:[..U]U-----A[..A]:..29_:A (0.019) (0.010) A:..42_:[..G]G-----C[..C]:..28_:A (0.007) (0.025) A:..43_:[..G]G-----C[..C]:..27_:A (0.011) (0.015) A:..44_:[..A]Ax*---g[M2G]:..26_:A (0.013)акцепторный стебель выделен красным, Т-стебель - зеленым, D-стебель - синим, антикодоновый - оранжевым.
load C:\Users\Matvey\Desktop\1EHZ_OLD.pdb restrict none select all backbone 50 select 1-7 or 66-72 color red select 49-53 or 61-65 color green select 10-13 or 22-25 color blue select 39-44 or 26-31 color orange write C:\Users\Matvey\Desktop\raspic.gif
Структуру стеблевых дуплексов поддерживают 16 канонических и 6 неканонических пар оснований.
неканонические пары:(0.020) A:..49_:[5MC]c-----G[..G]:..65_:A (0.017) (0.013) A:..54_:[5MU]u-**-xa[1MA]:..58_:A (0.012) (0.024) A:..55_:[PSU]Px**+xG[..G]:..18_:A (0.028) (0.008) A:..38_:[..A]A-*---c[OMC]:..32_:A (0.008) (0.004) A:..39_:[PSU]P-*---A[..A]:..31_:A (0.007) (0.005) A:..40_:[5MC]c-----G[..G]:..30_:A (0.013) (0.015) A:..44_:[..A]Ax*---g[M2G]:..26_:A (0.013) (0.018) A:..10_:[2MG]g-----C[..C]:..25_:A (0.011) (0.188) A:..16_:[H2U]ux**+xU[..U]:..59_:A (0.029)
Пары вне stem`s, стабилизирующие структуру:(0.013) A:..54_:[5MU]u-**-xa[1MA]:..58_:A (0.012) (0.024) A:..55_:[PSU]Px**+xG[..G]:..18_:A (0.028) (0.015) A:..36_:[..A]Ax*---U[..U]:..33_:A (0.014) (0.008) A:..38_:[..A]A-*---c[OMC]:..32_:A (0.008) (0.025) A:..14_:[..A]A-**-xU[..U]:...8_:A (0.016) (0.021) A:..15_:[..G]G-**+xC[..C]:..48_:A (0.015) (0.188) A:..16_:[H2U]ux**+xU[..U]:..59_:A (0.029) (0.026) A:..19_:[..G]G-----C[..C]:..56_:A (0.014)
изображение пары G-*---U:
1)вариабельная петля: c 45 по 48 включительно
2)остаток тимидина в Т-петле есть, но он назван 5МС (54 нуклеотид) (5-метилурацил)
3)дигидроуридин в D-петле : 16 нуклеотид
Актикодон: (рис1(а)):
- Исследование третичной структуры
1. Стеккинг взаимодействие:
пара оснований с наименьшей (0) площадью перекрывания. 
пара оснований с наибольшей (14) площадью перекрывания
2. Внутри D-петли обнаружилась неканоническая пара:
(0.013) A:..54_:[5MU]u-**-xa[1MA]:..58_:A (0.012)Между D- и Т-петлями так же нашлись 2 связи:
Между 16 остатком дигидроуридина и 59 уридина (на картинке) И между 19 остатком гуанина и 56 цитозина
- Предсказание вторичной структуры тРНК
|
Позиции в структуре (по результатам find_pair) |
Результаты предсказания |
Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
Акцепторный стебель |
(0.008) A:...1_:[..G]G-----C[..C]:..72_:A (0.006)
(0.006) A:...2_:[..C]C-----G[..G]:..71_:A (0.013)
(0.021) A:...3_:[..G]G-----C[..C]:..70_:A (0.018)
(0.018) A:...4_:[..G]G-*---U[..U]:..69_:A (0.015)
(0.018) A:...5_:[..A]A-----U[..U]:..68_:A (0.011)
(0.011) A:...6_:[..U]U-----A[..A]:..67_:A (0.020)
(0.008) A:...7_:[..U]Ux----A[..A]:..66_:A (0.016)
Всего 7 пар |
|
GCGGAU |
D-стебель |
(0.018) A:..10_:[2MG]g-----C[..C]:..25_:A (0.011)
(0.005) A:..11_:[..C]C-----G[..G]:..24_:A (0.013)
(0.012) A:..12_:[..U]U-----A[..A]:..23_:A (0.030)
(0.013) A:..13_:[..C]C----xG[..G]:..22_:A (0.017)
всего 4 |
ничего не совпало |
GCUC |
T-стебель |
(0.020) A:..49_:[5MC]c-----G[..G]:..65_:A (0.017)
(0.024) A:..50_:[..U]U-----A[..A]:..64_:A (0.014)
(0.030) A:..51_:[..G]G-----C[..C]:..63_:A (0.016)
(0.020) A:..52_:[..U]U-----A[..A]:..62_:A (0.016)
(0.027) A:..53_:[..G]G----xC[..C]:..61_:A (0.012)
5 пар |
предсказано 5 аналогичных (100% сходство) пар |
CUGUG |
Антикодоновый стебель |
(0.004) A:..39_:[PSU]P-*---A[..A]:..31_:A (0.007)
(0.005) A:..40_:[5MC]c-----G[..G]:..30_:A (0.013)
(0.013) A:..41_:[..U]U-----A[..A]:..29_:A (0.019)
(0.010) A:..42_:[..G]G-----C[..C]:..28_:A (0.007)
(0.025) A:..43_:[..G]G-----C[..C]:..27_:A (0.011)
(0.015) A:..44_:[..A]Ax*---g[M2G]:..26_:A (0.013)
6 пар |
22 gagcgccaga 31
|| | |||||
48 ctggaggtct 39
только 5 совпадений |
CCAGA |
Общее число канонических пар нуклеотидов |
19 |
13 |
14 |
значение P 10 (при меньших значениях результат неправдоподобен;
при значениях больших 10 этот результат представлен всегда)
