"Исследование ДНК-белковых взаимодействий в структуре комплекса фактора транскрипции Rob c DNA"

    ДНК-белковый комплекс состоит из ДНК, связанной с фоктором транскрипции Rob . получено из E. coli
    для исследования были выбраны цепи М и N DNA. Для белка я рассмотрел все цепи: 
             цепь M [1]  5`-TGACAGCACTGAATGTCAAAG-3` [21]
                         ||||||||||||||||||||
         цепь N [21]  3`-CTGTCGTGACTTACAGTTTCA-5` [1]

    где 1 и 21 - номера первого и последнего нуклеотида.

  1. Функции белка, структура которого представлена в файле ХХХХ.pdb

    2. Связывание с правой ручкой ориджина репликации oriC хромосомы. Rob связывание может влиять
    на образование нуклеопротеиновых структур, требующих oriC для инициации репликации.

  2. Исследование структуры ДНК

    3. Представлена B-ДНК (определил с помощью find_pair & analyze). Торсионный углы:
    средние значения углов для цепи N				
Alpha     	beta     	gamma     	delta      	epsilon  	zeta         chi
-52,6711	175,5475	43,91      	139,525	        185,5105     -116,53 	-107,485
средине значения углов для цепи M				
-55,5263	175,1125	45,755	        134,2063        188,1368    -119,524    -106,355


    Cамый "кривой" нуклеотид 36С:(Отклонения от средних значений:) 
    Alpha  beta     gamma     delta    epsilon       zeta    chi
-62,37 72,95    13,31      8,32    10,91   	-20,63	-10,79

    В файле представлены значения средних углов. excel-файл
    Связывание с белком немного изменяет структуру ДНК из-за полярных и не полярных взаимодействий, но все же эти изменение не столь глобальны и ДНК по-прежнему сохраняет B-форму.

  3. Исследование природы ДНК-белковых контактов


    4. 1) скрипт my_dna.def в котором определены множества атомов,

    2)

    Контакты атомов белка с DNA

    Полярные

    Неполярные

    Всего

    остатками 2'-дезоксирибозы

    6

    50

    56

    остатками фосфорной кислоты

    0

    39

    39

    остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки

    5

    19

    24

    остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки

    5

    0

    5


    3) Оказалось, что с фосфором образовано достаточно много неполярных контактов и ни одного полярного
    полярные контакты в основном образованы из АК: ARG & GLU; из ДНК: основаниями и дезоксирибонуклеиновой кислотой.
    со стороны большой (из-за ее глубины) АК остатки из протеина проникают в саму бороздку, соответственно контактов там намного больше

  4. Получение популярной схемы ДНК-белковых контактов с помощью nucplot

    5. Команда: nucplot 1D5Y_old.pdb






    Полученные мною в RasMol`е результаты немного отличаются от выданых программой nucplot.
    Расхождения вызваны тем, что мы считаем полярной или не полярной связь, исходя лишь из
    расстония между атомами, что не на 100% верно. (я проверил, nucplot посчитал полярными связи
    больше 3,5, что, в общем то, не говорит о его неправоте)

  5. Возможный(е) распознающий(е) контакт(ы)

    6. С 14 гуанином цепи P (с его фосфатом) связано 3 остатка, с 19 гуанином (его фосфатом) этой же цепи
    связано 3 остатка (2 как неполярные и 1 как полярный).
    По-моему, лучшим выбором будет Trp36, так как этот остаток целиком "погружен" в большую бороздку,
    что обеспечивает связывание протеина с ДНК и необходимо для выполняния главной функции этого белка.


    Как видно, триптофан (большая молекула), явно расположен как есть не просто так.

  6. Характеристика ДНК-связывающего домена HTH AraC_E_bind(PF06445)

    7. У меня google chrome и изображение не сохраняется, но вот ссылка на него:
    структура ROB_ECOLI