Программы пакета BLAST для работы с нуклеотидными последовательностями

Поиск в геноме участков, кодирующих белки, похожие на заданный

Число находок с E-value < 0,001

 1

E-value лучшей находки

 3e-62

Название последовательности с лучшей находкой

 AL766848 Streptococcus agalactiae NEM316 complete genome, segment 6

Координаты лучшей находки (от-до)

 174451:175149 на комплементарной цепи

Процент последовательности белка, вошедший в выравнивание с лучшей находкой

 в выравнивании задействована вся последовательность белка кроме 239 остатка (99,5%)

Нахождение записи EMBL по последовательности программой BLASTN

  • Последовательность присутствует в записи X87830 (S.typhi rcsB & rcsC genes)

  • Kоординаты : 346:525, направления совпадают

  • В поле FT 2 CDS: 1й ген rcsB, координаты 166..816, и 2й ген rcsC, координаты 919..1230 на комплементарной цепи

    • Поиск гомологов гена программой BLASTN

    * у лучшей находки E-value знчительно больше 0.001

    		 6

    E-value лучшей находки

    		 0.37

    Название последовательности с лучшей находкой

    		 AL766853 Streptococcus agalactiae NEM316 complete genome, segment 11

    Координаты лучшей находки (от-до)

    		 121652:121675

    Процент последовательности fasta-файла, вошедший в выравнивание с лучшей находкой

    		 24 из 720 букв (3.33%) вошли в выравнивание.


    На основании полученых данных можно сделать вывод: либо у Streptococcus agalactiae функцию PYRF_BACSU выполняет
    другой протеин, либо blastn не подходит для поиска гомологов (что в принципе вполне возможно).