EnsEMBL

  • На портале можно зарегистрироваться

  • Есть окошко с очень интересной и полезной информацией о том, что я могу сделать попав на этот сайт
    (мануал; как загрузить; с помощью чего загрузить; для каких целей можно использовать и т.п.)

  • Есть окошко с инормацией о нововведениях в свежем (64) релизе

  • Имееться окошко со ссылками на Европейский Биоинформатический Институт и Институт Сэнгера

  • Окошко для "быстрого старта" (выбрать геном какого-либо организма)

  • Окошко поиска по БД

  • Поле со ссылками на различные программы (BLAST/BLAT, BioMart, Tools etc.)

    • Все вместе это делает EnsEMBL достаточно удобным и легко понимаемым сервисом, так что даже впервые узнавший о нем человек
    в принципе с легкостью сумеет разобраться как достичь желаемого результата.

    Search

    Сначала я решил вбить в поисковик MICC. В результате нашлось 8 генов и 8 транскриптов
    У каждой находки есть 2 ссылки: на локацию в хромосоме и на описание гена/транскрипта.

    После запуска BLASTN с запросом MICC я получил:
  • Картинку с указанием расположения гена в хромосоме
  • Позиции выравнивания в запросе
  • Некое summary, схожее с таковым у BLAST'а. В нем показаны данные о выравниваниях

    • ContigView

    Получил:
  • Картинка с локализацией тех 8-ми находок (которые я нашел простым поиском) в 6й хромосоме.
    Тыкая ЛКМ по полю картинки можно вызвать всплывающие окна (смена локаоизации, зум, переход по той или иной записи)
    Так же можно импортировать изображения ( маленькая кнопка внизу)

  • Поле с детальной информацией о регионе хромосомы ( щелкая по полю тоже возникают поля зума, краткой информации о записи и ссылки на записи)
    Можно узнать: сколько находок мы рассматриваем (и пройти к ним по ссылке),отдельные участки хромосомы('bands'), имена контигов, что из себя представляет запись (по цвету из легенды),
    положение контига в геноме (с .. по ..) есть ползунок как в гугл картах)), это зум, причем к гену можно переходить, введя его имя в соответствующее поле.

  • В самом нижнем окошке представлен увеличенный участок с 1 контигом. К вышеперечисленому здесь добавляется информация о соответствии участков со сходными
    записями Uniprot, показаны интронные и экзонные участки гена, добавлена кривая % содержания GC в контиге (%GC измеряется для % оценки всех геномов).

  • Слева есть путеводитель по результатам, откуда можно узнать о данных сравнительной геномики, вариации генов и посмотреть на другие геномные браузеры.
  • Поиск происходит по базе Human (GRCh37), самой новой. Суммарная длина контигов 3.2 Gb, хромосом - 3.1Gb, это говорит о неполном понимании устройства генома человеком.
    В МНС-регионе 6 хромосомы включено 9 гаплотипических регионов, а это именно тот регион, в котором локализован ген MICC.

    • Сравнение

  • UCSC - визуализирован не очень, навигация хуже, то есть новичег вряд ли быстро смекнет что к чему

  • NCBI - Хорошие дизайн и навигация, но разобратся в нем не легче чем в EnsEMBL. Другие названия тех же функций (хотя для американцев в EMBL они другие)), но функций немного больше.

  • Vega - На первый взгляд тот же енсэмбль, но сверху всего 2 ссылочки. Но это можно объяснить спецификацией этого сайта человеческом геноме.

    • Но, вообще говоря, я могу оценить все лишь субъективно и наверняка этих браузеров не 1 не просто так. Проффесионалу не имеет значения легкость работы, тогда как информативность базы важна;
    и, как в случае с Вега, браузеры могут служить лишь специфическим целям.